当前解析结果
SmilChr02G005451| 统一新 Gene ID | SmilChr02G005451 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G005451 |
| 描述 | nucleobase-ascorbate transporter 1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 74853044 - 74857715 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131009413 |
|---|---|
| GeneID | 131009413 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131009413 |
| 原始查询 | LOC131009413 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | nucleobase-ascorbate transporter 1-like |
| 产物 | nucleobase-ascorbate transporter 1-like |
| Arabidopsis | AT2G05760 (AT2G05760)Xanthine/uracil permease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815127] identity=82.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os01g0759900- identity=71.2; qcov=0.863; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0016020 (membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00860 (Xan_ur_permease) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131009413 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057792710.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057792710.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057792710.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057792710.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057792710.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:74853382 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B122,C79 |
Chr2:74853484 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B13,B3 |
Chr2:74853520 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B31,B62,C49,D10 |
Chr2:74853535 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B140,B84,C13,D3 |
Chr2:74853547 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B101 |
Chr2:74854003 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C65 |
Chr2:74854557 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr2:74854980 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B2,B24,B55,D10 |
Chr2:74854992 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B101,C81,C85 |
Chr2:74855145 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B103 |
Chr2:74855178 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C49 |
Chr2:74855386 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B135,C42 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057792710.1PF00860
Xan_ur_permease 27-431 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057792710.1 |
Pfam | PF00860 |
Xan_ur_permease | Family | 27 | 431 | 1.6e-64 | 218.8 | Permease family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。