Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G005454`

染色体: Chr02 坐标: 74873062-74876109 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G005454`
名称	SmilChr02G005454
描述	probable tyrosine-protein phosphatase DSP4
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	74873062 - 74876109 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009417`
GeneID	`131009417`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009417`
原始查询	`LOC131009417`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable tyrosine-protein phosphatase DSP4
产物	probable tyrosine-protein phosphatase DSP4
Arabidopsis	`AT1G05000` (PFA-DSP1) Phosphotyrosine protein phosphatases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839348] identity=80.4; qcov=0.765; evalue=1.64e-97; confidence=high
Rice	`Os09g0135700` (OsPFA-DSP1) - identity=76.9; qcov=0.751; evalue=2.21e-94; confidence=high
GO	GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006470 (protein dephosphorylation); GO:0016791 (phosphatase activity)
KEGG	-
Pfam	PF03162 (Y_phosphatase2); PF13350 (Y_phosphatase3); PF22741 (PTP-NADK)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009417

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057792713.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057792713.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057792713.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057792713.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057792713.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:74873352`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr2:74873414`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B24,C18,C27,D11
`Chr2:74873501`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr2:74874290`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	4	B101,B74,C2,C80
`Chr2:74874290`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B101,B74,C2,C80
`Chr2:74874306`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C68,C8,D7
`Chr2:74874324`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B49,C71,D9
`Chr2:74874333`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B85,B9,C33
`Chr2:74874334`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C68,C8
`Chr2:74874345`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C2
`Chr2:74875569`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C81
`Chr2:74875576`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B66,B88,C48,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792713.1

213 aa

106

213

Y_phosphatase2

PTP-NADK

Y_phosphatase3

PF03162 Y_phosphatase2 48-201 aa PF22741 PTP-NADK 102-161 aa PF13350 Y_phosphatase3 120-174 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057792713.1`	Pfam	`PF03162`	Y_phosphatase2	Domain	48	201	1.5e-61	207.5	Tyrosine phosphatase family
`XP_057792713.1`	Pfam	`PF22741`	PTP-NADK	Domain	102	161	9e-07	29.2	DSP-PTPase phosphatase fused to NAD+ Kinase
`XP_057792713.1`	Pfam	`PF13350`	Y_phosphatase3	Domain	120	174	1e-05	26.3	Tyrosine phosphatase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057936730.1
AGAATGAATAAATTAAACTGCATTCGAAATATCTGAGCTCCAATAAAAATGATCTAAAAAACGTACTCGAAAAATTCGTGTATTTGAAGTCAAAATTTATAAAATCGAGTAAAATATTGTGTATTTAATCGCAATTATCCTTATAAATAACATGAAATATAAAATATTAATAGAGAAATAGATAATTCGAATAAATCGATGAGTGCACGCATATTTCATTTCTCGCGGCAGTCAAAATTTCATGCCCAAGAAATCGTCTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009417
ATGATGATGGAGTTCAGCGCAGAAAACGGCGGCAGTAGAAATGGCGGGATGTGCAGAGCTGCGGAGGCGGCGGCGCCGTGGCAGCTGAGGGTGTCGTTTCGCGGCGAGAGCTACGTGGAGGCCGGCGGTGCTCTATTCACGCCGCCGCTCAACTTCGCAATGGTGGATTATGGTATTTACAGGTCCGGCTTCCCCGACTCCGACAACTTCTCCTTCCTCGAAACCCTCAACCTCCGCTCCATCATATATTTGTGTCCGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057792713.1
MMMEFSAENGGSRNGGMCRAAEAAAPWQLRVSFRGESYVEAGGALFTPPLNFAMVDYGIYRSGFPDSDNFSFLETLNLRSIIYLCPEPYPDANVEFLKSNGIQLFQFGIEGCKEPFVNIPEDKIREALKVAIDVKNHPVLIHCKRGKHRTGCLVGCLRKSQRWCLTSVFDEYQRFAAAKARVSDQRFMEMFDASAFKNSPKSFSVSKRYKEYA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器