Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G005463`

染色体: Chr02 坐标: 74928194-74931840 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G005463`
名称	SmilChr02G005463
描述	GDSL esterase/lipase At2g04570-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	74928194 - 74931840 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009425`
GeneID	`131009425`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009425`
原始查询	`LOC131009425`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	GDSL esterase/lipase At2g04570-like
产物	GDSL esterase/lipase At2g04570-like
Arabidopsis	`AT2G04570` (AT2G04570) GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814999] identity=63.8; qcov=0.938; evalue=8.74e-160; confidence=high
Rice	`Os09g0132900` (OsGELP98) - identity=52.8; qcov=0.949; evalue=1.03e-124; confidence=high
GO	GO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds)
KEGG	-
Pfam	PF00657 (Lipase_GDSL)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009425

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057792724.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057792724.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057792724.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057792724.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057792724.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:74930267`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B31
`Chr2:74930369`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B115,B12,B138,C61,C81
`Chr2:74930376`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B122,B61,B89,C50
`Chr2:74930378`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B124,B78
`Chr2:74930386`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A18,B139,B69,B8,C42
`Chr2:74931423`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A7,B42,B43,B59,D10
`Chr2:74931450`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A23,B69,C2,D4,D6
`Chr2:74931495`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B97
`Chr2:74931525`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B137,B51,B52
`Chr2:74931534`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr2:74931561`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B69
`Chr2:74931573`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B131,C39,C40

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792724.1

353 aa

176

353

Lipase_GDSL

PF00657 Lipase_GDSL 29-344 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057792724.1`	Pfam	`PF00657`	Lipase_GDSL	Family	29	344	7.5e-28	98.8	GDSL-like Lipase/Acylhydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057936741.1
AAACCCTTCTCATTTATCACATCCAACCAAAAACAGAAAAAATATTTCCCCCAAAACTGATTTCACAAAAATTAATTCCACAATGCCTAGCTCTCCTCTCCTAGCTCCCGCAGCTTGCCTCCTCCTCTGCCTCCTCGGCGGCGCCGCCGCTGCGGCGGTCCCGGCGGTGATCGTGTTCGGAGACTCCTCGGTCGACGCCGGCAACAACAACCAGATATCCACCGTGCTGCGGAGCAACTTCCGCCCCTACGGCCGCGACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009425
ATGCCTAGCTCTCCTCTCCTAGCTCCCGCAGCTTGCCTCCTCCTCTGCCTCCTCGGCGGCGCCGCCGCTGCGGCGGTCCCGGCGGTGATCGTGTTCGGAGACTCCTCGGTCGACGCCGGCAACAACAACCAGATATCCACCGTGCTGCGGAGCAACTTCCGCCCCTACGGCCGCGACTTCTTCGGCGGCCGCCCGACGGGGAGGTTCTCGAACGGCCGCATTCCGCCGGATTTCATCTCGGAGGCGTTCGGTCTCCGGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057792724.1
MPSSPLLAPAACLLLCLLGGAAAAAVPAVIVFGDSSVDAGNNNQISTVLRSNFRPYGRDFFGGRPTGRFSNGRIPPDFISEAFGLRPFVPAYLDPQYNISDFAAGVCFASAGTGFDNVTSNVLNVIPLWKEVEYYKEYQNKLKAYVGEAKAKSIINEALYLVSLGTNDFLENYYTIPNTRSKYTTVDQYQDFLIGLVEEFLTGIYGLGARKISLTGLPPMGCLPLERSTNYVNGNGNECMEGYNVVALHFNEKLGGLVEK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器