当前解析结果
SmilChr02G005471| 统一新 Gene ID | SmilChr02G005471 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G005471 |
| 描述 | anthocyanidin 3-O-glucosyltransferase 2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 74977964 - 74979579 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131009434 |
|---|---|
| GeneID | 131009434 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131009434 |
| 原始查询 | LOC131009434 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | anthocyanidin 3-O-glucosyltransferase 2-like |
| 产物 | anthocyanidin 3-O-glucosyltransferase 2-like |
| Arabidopsis | AT4G15280 (UGT71B5)UDP-glucosyl transferase 71B5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827194] identity=42.6; qcov=1.01; evalue=2.78e-131; confidence=medium |
| Rice | Os07g0564100 (OJ1112_E08.105)- identity=38.6; qcov=1.03; evalue=6.37e-94; confidence=medium |
| GO | GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00201 (UDPGT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131009434 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057792736.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057792736.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057792736.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057792736.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057792736.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:74978103 |
CG |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 6 | B128,B16,B33,B38,C15,C7 |
Chr2:74978151 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B115 |
Chr2:74978165 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B79 |
Chr2:74978202 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C42 |
Chr2:74978215 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B75,B78,C55 |
Chr2:74978223 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B25,B61,B89,C1,C50 |
Chr2:74978237 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B1,B45 |
Chr2:74978263 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B10,B55,C20,C32,C68 |
Chr2:74978330 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C35 |
Chr2:74978470 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B75,B78,C55 |
Chr2:74978503 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C71,C8 |
Chr2:74978515 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B93 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057792736.1PF00201
UDPGT 273-431 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057792736.1 |
Pfam | PF00201 |
UDPGT | Family | 273 | 431 | 2.3e-23 | 83.5 | UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。