Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G005474`

染色体: Chr02 坐标: 74990668-74992966 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G005474`
名称	SmilChr02G005474
描述	UDP-glycosyltransferase 71E1-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	74990668 - 74992966 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009437`
GeneID	`131009437`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009437`
原始查询	`LOC131009437`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	UDP-glycosyltransferase 71E1-like
产物	UDP-glycosyltransferase 71E1-like
Arabidopsis	`AT3G21790` (AT3G21790) UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821733] identity=45.3; qcov=1.03; evalue=1.28e-132; confidence=high
Rice	`Os07g0564100` (OJ1112_E08.105) - identity=37.8; qcov=1.03; evalue=1.16e-88; confidence=medium
GO	GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00201 (UDPGT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009437

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057792740.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057792740.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057792740.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057792740.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057792740.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:74990756`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	56	A10,A18,A2,A3,A9,B1,B107,B111,B113,B121,B123,B126,B127,B128,B129,B136,B15,B2,B26,B28,B3,B33,B41,B5,B59,B6,B61,B70,B71,B72,B76,B88,B9,B90,B92,B94,B98,C13,C2,C20,C24,C25,C27,C40,C41,C45,C5,C51,C54,C62,C63,C70,C84,C9,D5,D7
`Chr2:74990832`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B42,B43,B50,C40
`Chr2:74990837`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B110,C59,C85
`Chr2:74991090`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A18,B138,B56,B96
`Chr2:74991091`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A15,B64,D6
`Chr2:74991113`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B110,B35,C13,C59,C85
`Chr2:74991122`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B60,C11,C69
`Chr2:74991171`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A18,B56,B96
`Chr2:74991195`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B117
`Chr2:74991212`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B60,C11,C69
`Chr2:74991269`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C19
`Chr2:74991289`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C76,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792740.1

474 aa

237

474

UDPGT

PF00201 UDPGT 258-394 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057792740.1`	Pfam	`PF00201`	UDPGT	Family	258	394	1.6e-19	70.9	UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057936757.1
TATTCTCATATAAAAATATTGAAGCTTCCTTGTCTCAAGGGATAAGATAACATTGGTAGAGAAATGAAGAAATCCGAACTTGTATTCATCCCAACTCCCGGGCTGAGCCACCTCATCCCCACCATGGAGACGGCCAAGCTCCTCCTCCACCGCGACGGCCGCCTCGCCGCCACCGTGCTCCTCCTCCCAACCTCCTCCAAAGACACCAACGCCGAGACCTACATAAAAAGCACCGCTTCAAACCCCACATTTTCATCACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009437
ATGAAGAAATCCGAACTTGTATTCATCCCAACTCCCGGGCTGAGCCACCTCATCCCCACCATGGAGACGGCCAAGCTCCTCCTCCACCGCGACGGCCGCCTCGCCGCCACCGTGCTCCTCCTCCCAACCTCCTCCAAAGACACCAACGCCGAGACCTACATAAAAAGCACCGCTTCAAACCCCACATTTTCATCACGATTGAGGTTCATCAACCTCCCTTTTATACAACACACAAACACACACTTCTTCGAGCAATTCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057792740.1
MKKSELVFIPTPGLSHLIPTMETAKLLLHRDGRLAATVLLLPTSSKDTNAETYIKSTASNPTFSSRLRFINLPFIQHTNTHFFEQFDVQIPNARREISNLVRQSDSRLAGVVLDIFCTEFADVAGEFGLPAYLFYTGGAVSLGLFQHLVSLKFEHGEDVTAYKDAVGVELPTPYLSLPVPAEVLPAVTVDKHFFPDIFLNHFKRVSEMRGVMINTFYELESYAVESLLSDDKTPEIYPVGPALKKETLTFDEDDDVKKWL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器