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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005477

染色体: Chr02 坐标: 75002301-75004018 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005477
名称SmilChr02G005477
描述anthocyanidin 3-O-glucosyltransferase 2-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向75002301 - 75004018 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009439
GeneID131009439
locus_tag-
NCBI NameLOC131009439
原始查询LOC131009439

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述anthocyanidin 3-O-glucosyltransferase 2-like
产物anthocyanidin 3-O-glucosyltransferase 2-like
ArabidopsisAT3G21790 (AT3G21790)
UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821733]
identity=42.4; qcov=1.01; evalue=8.06e-121; confidence=medium
RiceOs07g0503300 (OsUGT707A5)
-
identity=38.5; qcov=0.977; evalue=5.4e-82; confidence=medium
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009439

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057792742.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057792742.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792742.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792742.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792742.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:75002653 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr2:75002672 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B33,B54,C48
Chr2:75002732 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C32,C68
Chr2:75002738 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A6
Chr2:75002758 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 2 C5,C8
Chr2:75002758 CG C 1bp_deletion CDS_variant 2 C5,C8
Chr2:75002761 CTG * 2bp_deletion CDS_variant 5 B115,B123,B34,B70,C26
Chr2:75002808 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr2:75002809 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C32,C68
Chr2:75002816 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B120,B78
Chr2:75002891 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C76,D8
Chr2:75002900 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A6,B37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792742.1
474 aa
N
1
237
474
UDPGT
C
PF00201 UDPGT 269-398 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792742.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 269 398 1.5e-21 77.6 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936759.1
GAGCAAAAAATTATTTCTTTTCAAGCGCATTAACTTTAACGGCAAATACATTATTATAATAATTCTCATGCACTACTAGTGCACTCACATAAATATAAACATATATTCCAAGAAAACACAACCTTCTTCTTCATACTCTCTCTCTCTCACACACTCACACATTTTCAGAACAAAAAAATGCCAGAAGAAATAACAAGGTTGATCTTCGTACCTCTCCCAGTGCTCAGCCATCTCTTACCAACCATAAAATTAGCAAAGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009439
ATGCCAGAAGAAATAACAAGGTTGATCTTCGTACCTCTCCCAGTGCTCAGCCATCTCTTACCAACCATAAAATTAGCAAAGCTCCTAACCGACCGCGATGATCGCCTCTCCATCACACTGCTAATCATCAACCTTCAATTCGACAACAAAATCAGCTCCTACATTAAAAACTCGCCGAATTCCCGCATCAATTTCGTCGAACTCGAACGAGTCGAATGCGACAAATCCCCGAAAACCACGATTTTCGAAGTCATCGCCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792742.1
MPEEITRLIFVPLPVLSHLLPTIKLAKLLTDRDDRLSITLLIINLQFDNKISSYIKNSPNSRINFVELERVECDKSPKTTIFEVIASQKPAVRAAAAAAAAGGAPEPGKLAGVVYDNLCSSMMDVAAELGVPSYIFFTCGAAILGLLFRLAGLMGGRDRALTEYEGSDAEISVATFFNPVPAKVWPSTVLVDGQGGFLGIVERLRSADGIIVNTFLELEEHAITALAGDDGAPAIYPLGPLLQDEEEPANDGARSRRVEI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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