Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G005491`

染色体: Chr02 坐标: 75075904-75082376 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G005491`
名称	SmilChr02G005491
描述	gamma aminobutyrate transaminase 3, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	75075904 - 75082376 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009451`
GeneID	`131009451`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009451`
原始查询	`LOC131009451`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	gamma aminobutyrate transaminase 3, chloroplastic
产物	gamma aminobutyrate transaminase 3%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT3G22200` (POP2) Pyridoxal phosphate (PLP)-dependent transferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821784] identity=80.5; qcov=0.92; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os08g0205900` - identity=77.9; qcov=0.971; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003867 (GO:0003867); GO:0004015 (S-adenosyl-L-methionine:8-amino-7-oxononanoate transaminase activity); GO:0009102 (biotin biosynthetic process); GO:0009448 (GO:0009448); GO:0030170 (pyridoxal phosphate binding)
KEGG	smil00250 (Alanine, aspartate and glutamate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00650 (Butanoate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00202 (Aminotran_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009451

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057792761.1`
2	Mitochondrion matrix	线粒体基质	0.40000	`XP_057792761.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057792761.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057792761.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057792761.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:75077965`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B65
`Chr2:75078229`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B115
`Chr2:75079261`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr2:75079319`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A3,B74,C61
`Chr2:75079456`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B44,C26,C48,C64,C66
`Chr2:75079610`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A6,B41,B64,B99
`Chr2:75079731`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B44,C26,C48,C64,C66
`Chr2:75079738`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A8
`Chr2:75080089`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B55,B87,C23,C83
`Chr2:75080338`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A15,C14,C42,C80
`Chr2:75080508`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B17,B65
`Chr2:75081161`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792761.1

513 aa

256

513

Aminotran_3

PF00202 Aminotran_3 80-493 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057792761.1`	Pfam	`PF00202`	Aminotran_3	Domain	80	493	6.8e-91	305.7	Aminotransferase class-III

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057936778.1
TTTAGCTAAAACTGAATCTGCACGTGACAGAGGATAATGATGTGGTGCAGCTCCTTGTCCATATCAAGAATCAAGATCATGCCTCCATTTTAAAACACCATCATAGCTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACACACCTACACTTCCTAGTGCCTTCTCCATTTTTGTCTGCATGCTTTGCCCCAACCTTCAGCAGCCATACAGTAGCAAAAATTGATTTTTCCTAAAAATTGGATGATGTATCGTCTCCTTCAATCTGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009451
ATGATGTATCGTCTCCTTCAATCTGCGATCAGAAACGCCACCCAGGTTGGCTGCAGAGCAAAAGCTACTTCAGCACGTAACATTTTGCAGAATGATTTATTTCGGGCTGCCATAGTTGTGAAACCATATGGTACAGAGGCATCTGCGCAGAAGGATGTTTCATCAACCGACGAGAAAGACTTTAAGAGTCATGATATGCTGGCGCCCTTTACGGCTGGATGGCAGACTACGGACGTGAACCCTCTAATAATTGCAAAGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057792761.1
MMYRLLQSAIRNATQVGCRAKATSARNILQNDLFRAAIVVKPYGTEASAQKDVSSTDEKDFKSHDMLAPFTAGWQTTDVNPLIIAKSEGSYVYDINGKKYLDSLAGLWCTALGGNEPRLVEAAMKQLNTLPFYHSFWNRTTKPSLDLASELLEMFTAKKMAKAFFTNSGSEANDTQVKLVWYYNNALGRPNKKKFIARSKSYHGSTLIAASLSGLPALHQKFDLPAPFILHTDCPHYWRFHQEGESEEEFSTRLAKNLEN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器