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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005483

染色体: Chr02 坐标: 75034610-75036354 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005483
名称SmilChr02G005483
描述zinc transporter 8-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向75034610 - 75036354 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009466
GeneID131009466
locus_tag-
NCBI NameLOC131009466
原始查询LOC131009466

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc transporter 8-like
产物zinc transporter 8-like
ArabidopsisAT1G05300 (ZIP5)
zinc transporter 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837029]
identity=56.5; qcov=0.957; evalue=3.23e-129; confidence=high
RiceOs05g0472700 (OsZIP5)
-
identity=52.3; qcov=1.01; evalue=2.06e-126; confidence=high
GOGO:0005385 (zinc ion transmembrane transporter activity); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0071577 (zinc ion transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF02535 (Zip)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009466

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057792791.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792791.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792791.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792791.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057792791.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:75034785 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 4 A2,B1,B139,B45
Chr2:75034785 GC G 1bp_deletion CDS_variant 4 A2,B1,B139,B45
Chr2:75034829 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 18 A11,A20,A22,B117,B121,B130,B133,B20,B5,B68,B74,B77,B83,B88,C21,C61,C79,C87
Chr2:75034848 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr2:75034967 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,B1
Chr2:75034993 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B107,B27,C1
Chr2:75034995 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B123,C27
Chr2:75034999 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B22,B41,C35
Chr2:75035031 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 3 B45,B48,B69
Chr2:75035031 A AG 1bp_insertion CDS_variant 3 B45,B48,B69
Chr2:75035403 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B2,B24
Chr2:75035467 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792791.1
351 aa
N
1
176
351
Zip
C
PF02535 Zip 43-348 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792791.1 Pfam PF02535 Zip Family 43 348 1.2e-79 268.7 ZIP Zinc transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936808.1
CAAAAAAGAGTTTATTATGGCGAAACTATTGAAGACCCTTCTCGTCGCCGCCGCGATCATATTGTTCTTGTTTCCGGCGGCGGTGATTGCCGACTGCACCTGCGAGGCGGAGGCGGAGGACCGCAACGAAGCCTTAGCGCTCAAATACAAGCTGGCGGCGCTAGCATCGATTCTGGTGGCGGGCGCGGTCGGCGTGTGCCTCCCCGTGGCGGCGAAGCGGTTTCCGGCGCTGAGCCCGACGAGCAGCCTCTTCTTCGTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009466
ATGGCGAAACTATTGAAGACCCTTCTCGTCGCCGCCGCGATCATATTGTTCTTGTTTCCGGCGGCGGTGATTGCCGACTGCACCTGCGAGGCGGAGGCGGAGGACCGCAACGAAGCCTTAGCGCTCAAATACAAGCTGGCGGCGCTAGCATCGATTCTGGTGGCGGGCGCGGTCGGCGTGTGCCTCCCCGTGGCGGCGAAGCGGTTTCCGGCGCTGAGCCCGACGAGCAGCCTCTTCTTCGTGGTGAAGGCCTTCGCCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792791.1
MAKLLKTLLVAAAIILFLFPAAVIADCTCEAEAEDRNEALALKYKLAALASILVAGAVGVCLPVAAKRFPALSPTSSLFFVVKAFAGGVILSTGFIHVLPDAFENLTSPCIPEHPWGDFPFTGFVAMVAAIGTLMVESYATSYYTRRANVKEAMKDCCGGDEEMLTVHTHATHGHAHGSVPSEESDSDDAKLLRHRVISQVLELGIIVHSVIIGIALGASQSPKTIKPLIAALSFHQFFEGLGLGGCITQAKFHVRAVII...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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