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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005528

染色体: Chr02 坐标: 75347016-75350583 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005528
名称SmilChr02G005528
描述receptor-like protein EIX2
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向75347016 - 75350583 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009481
GeneID131009481
locus_tag-
NCBI NameLOC131009481
原始查询LOC131009481

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein EIX2
产物receptor-like protein EIX2
ArabidopsisAT2G34930 (AT2G34930)
disease resistance family protein / LRR family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818058]
identity=33.2; qcov=0.931; evalue=1.01e-137; confidence=low
RiceOs11g0564900
-
identity=34.4; qcov=1; evalue=3.08e-157; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGGsmil04626 (Plant-pathogen interaction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13516 (LRR_6); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009481

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057792809.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792809.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792809.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792809.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057792809.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:75347042 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B113,B27,C36
Chr2:75347044 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 16 A23,B11,B112,B120,B131,B136,B2,B31,B33,B69,B97,C47,C73,C79,C8,D4
Chr2:75347051 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 43 A21,B11,B117,B118,B124,B127,B19,B37,B38,B39,B44,B47,B51,B53,B54,B6,B60,B62,B63,B68,B79,B82,B98,C10,C19,C2,C20,C22,C24,C36,C38,C41,C43,C47,C53,C56,C61,C64,C65,C81,C85,D6,D8
Chr2:75347069 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A20
Chr2:75347074 CAA C 2bp_deletion frameshift_variant 135 A1,A10,A14,A15,A19,A20,A21,A23,B10,B104,B107,B11,B111,B112,B114,B117,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B123,B124,B126,B127,B128,B129,B130,B131,B132,B133,B134,B136,B138,B139,B140,B2,B23,B24,B26,B3,B31,B32,B33,B36,B37,B38,B39,B4,B42,B44,B45,B47,B50,B51,B53,B54,B56,B58,B6,B60,B61,B63,B64,B65,B66,B68,B69,B7,B72,B73,B76,B78,B79,B83,B86,B88,B9,B95,B96,B97,B99,C10,C11,C13,C14,C15,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C24,C28,C29,C30,C34,C36,C39,C4,C42,C43,C47,C5,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C59,C60,C61,C63,C64,C65,C67,C69,C73,C76,C77,C79,C8,C82,C83,C85,D10,D11,D2,D6,D8,D9
Chr2:75347100 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr2:75347108 A AAT 2bp_insertion frameshift_variant 7 B133,B138,B69,B76,C28,C52,C59
Chr2:75347151 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B42,C51
Chr2:75347174 T TTC 2bp_insertion frameshift_variant 47 A9,B105,B106,B107,B110,B114,B118,B127,B15,B30,B37,B4,B40,B47,B51,B54,B59,B6,B60,B63,B64,B68,B78,B91,B98,C10,C2,C21,C22,C24,C27,C33,C36,C38,C4,C41,C49,C53,C56,C61,C63,C64,C65,C66,C75,D4,D8
Chr2:75347175 GAA G 2bp_deletion frameshift_variant 47 A9,B105,B106,B107,B110,B114,B118,B127,B15,B30,B37,B4,B40,B47,B51,B54,B59,B6,B60,B63,B64,B68,B78,B91,B98,C10,C2,C21,C22,C24,C27,C33,C36,C38,C4,C41,C49,C53,C56,C61,C63,C64,C65,C66,C75,D4,D8
Chr2:75347310 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118
Chr2:75347373 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792809.1
1077 aa
N
1
538
1077
LRRNT_2
LRR_14
LRR_6
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_6
LRR_1
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 50-86 aa PF23598 LRR_14 112-320 aa PF13516 LRR_6 117-130 aa PF00560 LRR_1 118-139 aa PF00560 LRR_1 143-165 aa PF00560 LRR_1 192-214 aa PF13855 LRR_8 266-321 aa PF13516 LRR_6 287-303 aa PF00560 LRR_1 289-311 aa PF00560 LRR_1 388-407 aa PF23598 LRR_14 405-639 aa PF00560 LRR_1 414-435 aa PF00560 LRR_1 491-512 aa PF13855 LRR_8 491-549 aa PF00560 LRR_1 515-531 aa PF00560 LRR_1 682-702 aa PF00560 LRR_1 706-727 aa PF00560 LRR_1 777-799 aa PF00560 LRR_1 802-823 aa PF00560 LRR_1 882-903 aa PF00560 LRR_1 930-951 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792809.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 50 86 5.8e-12 46.4 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057792809.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 112 320 1.4e-46 159.6 Leucine-rich repeat region
XP_057792809.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 117 130 1.6e-07 31.6 Leucine Rich repeat
XP_057792809.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 118 139 1.7e-63 197.4 Leucine Rich Repeat
XP_057792809.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 143 165 1.7e-63 197.4 Leucine Rich Repeat
XP_057792809.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 192 214 1.7e-63 197.4 Leucine Rich Repeat
XP_057792809.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 266 321 8.7e-51 170.2 Leucine rich repeat
XP_057792809.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 287 303 1.6e-07 31.6 Leucine Rich repeat
XP_057792809.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 289 311 1.7e-63 197.4 Leucine Rich Repeat
XP_057792809.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 388 407 1.7e-63 197.4 Leucine Rich Repeat
XP_057792809.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 405 639 1.4e-46 159.6 Leucine-rich repeat region
XP_057792809.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 414 435 1.7e-63 197.4 Leucine Rich Repeat
XP_057792809.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 491 512 1.7e-63 197.4 Leucine Rich Repeat
XP_057792809.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 491 549 8.7e-51 170.2 Leucine rich repeat
XP_057792809.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 515 531 1.7e-63 197.4 Leucine Rich Repeat
XP_057792809.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 682 702 1.7e-63 197.4 Leucine Rich Repeat
XP_057792809.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 706 727 1.7e-63 197.4 Leucine Rich Repeat
XP_057792809.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 777 799 1.7e-63 197.4 Leucine Rich Repeat
XP_057792809.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 802 823 1.7e-63 197.4 Leucine Rich Repeat
XP_057792809.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 882 903 1.7e-63 197.4 Leucine Rich Repeat
XP_057792809.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 930 951 1.7e-63 197.4 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936826.1
ATCCAACTTGAGACTATGGAGTATCCCACAAACATATATCTCTTTCTCTTCCACACATCAAAATATACAGAAAGGATGATTTCTGATAAAGGAATATCAATCAAATTTCTTCTTTTTCTTCTACTTTGTGTCTCTGTTTCAGGAGAAGTGAGATGCATTGAAAGGGAGAGAGAAGCTCTTCTAAGCTTCAAGAATGGCCTCATCGATGACTATGGCGTTCTCTCGTCATGGCGAAGTGACGAATGCTGCAAATGGTATGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009481
ATGGAGTATCCCACAAACATATATCTCTTTCTCTTCCACACATCAAAATATACAGAAAGGATGATTTCTGATAAAGGAATATCAATCAAATTTCTTCTTTTTCTTCTACTTTGTGTCTCTGTTTCAGGAGAAGTGAGATGCATTGAAAGGGAGAGAGAAGCTCTTCTAAGCTTCAAGAATGGCCTCATCGATGACTATGGCGTTCTCTCGTCATGGCGAAGTGACGAATGCTGCAAATGGTATGGTGTTGAGTGCAGTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792809.1
MEYPTNIYLFLFHTSKYTERMISDKGISIKFLLFLLLCVSVSGEVRCIEREREALLSFKNGLIDDYGVLSSWRSDECCKWYGVECSNTTGHVIALHLDGYYKGALRGKVGSSLLELHHLNYLDLSYNDFGGYSIPEFIGSMKQLQYLYLMYSHFSGIIPPQIGNLTNLRLLGLSWNDFGGNPIPEFVYSMKQLQHLYLKYAHFSGIIPPQIGNLTNLLSLDLSFNSLTTENLVWLSNLSLLSYLHLSQIDLSHPNSLQHI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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