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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005530

染色体: Chr02 坐标: 75359946-75363213 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005530
名称SmilChr02G005530
描述receptor-like protein EIX1
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向75359946 - 75363213 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009483
GeneID131009483
locus_tag-
NCBI NameLOC131009483
原始查询LOC131009483

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein EIX1
产物receptor-like protein EIX1
ArabidopsisAT2G34930 (AT2G34930)
disease resistance family protein / LRR family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818058]
identity=36.9; qcov=0.979; evalue=1.66e-153; confidence=medium
RiceOs11g0564900
-
identity=34.6; qcov=1.08; evalue=3.36e-157; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGGsmil04626 (Plant-pathogen interaction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF12799 (LRR_4); PF13516 (LRR_6); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009483

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057792811.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792811.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792811.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792811.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057792811.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:75360402 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B107,B60,C19,C61
Chr2:75360402 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,B60,C19,C61
Chr2:75360566 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B47
Chr2:75360571 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B108,B110,B49,C13,C59
Chr2:75360576 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B57,C13,C74
Chr2:75360586 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr2:75360587 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B49,C13,C59
Chr2:75360595 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr2:75360620 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr2:75360631 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B123,C5
Chr2:75360632 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B49,C13,C59,C84,D3
Chr2:75360634 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B49,C13,C59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792811.1
939 aa
N
1
470
939
LRRNT_2
LRR_14
LRR_6
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_4
LRR_6
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_6
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 33-71 aa PF23598 LRR_14 80-311 aa PF13516 LRR_6 103-117 aa PF00560 LRR_1 104-125 aa PF00560 LRR_1 129-151 aa PF13855 LRR_8 129-185 aa PF00560 LRR_1 153-175 aa PF00560 LRR_1 228-249 aa PF00560 LRR_1 278-299 aa PF13855 LRR_8 354-414 aa PF00560 LRR_1 355-376 aa PF00560 LRR_1 379-395 aa PF12799 LRR_4 475-513 aa PF13516 LRR_6 496-511 aa PF00560 LRR_1 498-515 aa PF00560 LRR_1 547-565 aa PF00560 LRR_1 569-589 aa PF00560 LRR_1 644-663 aa PF00560 LRR_1 665-687 aa PF00560 LRR_1 743-764 aa PF00560 LRR_1 767-787 aa PF13516 LRR_6 790-804 aa PF00560 LRR_1 791-812 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792811.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 33 71 1.6e-10 41.8 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057792811.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 80 311 7.4e-28 98.0 Leucine-rich repeat region
XP_057792811.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 103 117 1.3e-11 44.4 Leucine Rich repeat
XP_057792811.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 104 125 1.3e-57 179.9 Leucine Rich Repeat
XP_057792811.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 129 151 1.3e-57 179.9 Leucine Rich Repeat
XP_057792811.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 129 185 2.1e-43 146.6 Leucine rich repeat
XP_057792811.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 153 175 1.3e-57 179.9 Leucine Rich Repeat
XP_057792811.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 228 249 1.3e-57 179.9 Leucine Rich Repeat
XP_057792811.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 278 299 1.3e-57 179.9 Leucine Rich Repeat
XP_057792811.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 354 414 2.1e-43 146.6 Leucine rich repeat
XP_057792811.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 355 376 1.3e-57 179.9 Leucine Rich Repeat
XP_057792811.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 379 395 1.3e-57 179.9 Leucine Rich Repeat
XP_057792811.1 Pfam PF12799 LRR_4 Repeat 475 513 1.7e-37 127.3 Leucine Rich repeats (2 copies)
XP_057792811.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 496 511 1.3e-11 44.4 Leucine Rich repeat
XP_057792811.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 498 515 1.3e-57 179.9 Leucine Rich Repeat
XP_057792811.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 547 565 1.3e-57 179.9 Leucine Rich Repeat
XP_057792811.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 569 589 1.3e-57 179.9 Leucine Rich Repeat
XP_057792811.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 644 663 1.3e-57 179.9 Leucine Rich Repeat
XP_057792811.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 665 687 1.3e-57 179.9 Leucine Rich Repeat
XP_057792811.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 743 764 1.3e-57 179.9 Leucine Rich Repeat
XP_057792811.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 767 787 1.3e-57 179.9 Leucine Rich Repeat
XP_057792811.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 790 804 1.3e-11 44.4 Leucine Rich repeat
XP_057792811.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 791 812 1.3e-57 179.9 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936828.1
CACATCAATAGAGGAACCATGATTTCTAATAAAGGAATTCCAATCAAATTTCTTCTTCTTGTTTTAGTTTGTGTCTTTGTTTCAGGAGATGATGCTGAAGTGAGATGCATAGCGAGGGAGAGAGAAGCTCTTCTAAGCTTCAAGAATGGCCTCATCGACGTCTACGATGATGGTATTCTCTCGTCATGGCGAAGTGACGAATGCTGTGAATGGTATGGCGTTGTGTGCAGCAACACCACTCGCCATGTCATCGCCCTCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009483
ATGATTTCTAATAAAGGAATTCCAATCAAATTTCTTCTTCTTGTTTTAGTTTGTGTCTTTGTTTCAGGAGATGATGCTGAAGTGAGATGCATAGCGAGGGAGAGAGAAGCTCTTCTAAGCTTCAAGAATGGCCTCATCGACGTCTACGATGATGGTATTCTCTCGTCATGGCGAAGTGACGAATGCTGTGAATGGTATGGCGTTGTGTGCAGCAACACCACTCGCCATGTCATCGCCCTCCAACTTAGCGCTTGTGATTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792811.1
MISNKGIPIKFLLLVLVCVFVSGDDAEVRCIAREREALLSFKNGLIDVYDDGILSSWRSDECCEWYGVVCSNTTRHVIALQLSACDYDGALQGKVGSSLLELHHLSYLDLSCNDFGGNSIPEFIGSMKQLQHLFLRRSHFSGIIPPQIGNLTNIRSLDLSHNSLTTKNLDWLSNLSLLSFLDLSQIDLSHTNWLQHIPSLHSLYELHLKSCGLKDNKPSSNSSSTSLLSILDLSHNNLTLSSFDWLSKLNTSLVKIDLSH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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