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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005542

染色体: Chr02 坐标: 75429185-75435963 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005542
名称SmilChr02G005542
描述DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH6
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向75429185 - 75435963 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009503
GeneID131009503
locus_tag-
NCBI NameLOC131009503
原始查询LOC131009503

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH6
产物DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH6
ArabidopsisAT2G30800 (HVT1)
helicase in vascular tissue and tapetum [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817631]
identity=58.8; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0767700 (RNAhA)
-
identity=58.9; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005622 (intracellular anatomical structure)
KEGGsmil03018 (RNA degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00270 (DEAD); PF00271 (Helicase_C); PF01424 (R3H); PF07717 (OB_NTP_bind); PF21010 (HA2_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009503

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057792859.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057792860.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792859.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792859.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057792859.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:75429448 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C85,D2
Chr2:75430129 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B18,B31,B97
Chr2:75430135 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B3
Chr2:75430422 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B67
Chr2:75430430 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B54,D11
Chr2:75430557 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B102,B86,C44
Chr2:75430754 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B105
Chr2:75431323 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C4,C75,C83,D4
Chr2:75431819 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,A15,A20
Chr2:75431841 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:75432660 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A6,C33
Chr2:75432833 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B50,C14,C42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792859.1
1203 aa
N
1
602
1203
R3H
DEAD
Helicase_C
HA2_C
OB_NTP_bind
C
PF01424 R3H 28-86 aa PF00270 DEAD 199-354 aa PF00271 Helicase_C 544-673 aa PF21010 HA2_C 768-830 aa PF07717 OB_NTP_bind 898-983 aa
XP_057792860.1
1110 aa
N
1
555
1110
DEAD
Helicase_C
HA2_C
OB_NTP_bind
C
PF00270 DEAD 106-261 aa PF00271 Helicase_C 451-580 aa PF21010 HA2_C 675-737 aa PF07717 OB_NTP_bind 805-890 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792859.1 Pfam PF01424 R3H Domain 28 86 6.3e-11 42.9 R3H domain
XP_057792859.1 Pfam PF00270 DEAD Domain 199 354 3.2e-13 50.5 DEAD/DEAH box helicase
XP_057792859.1 Pfam PF00271 Helicase_C Domain 544 673 7.6e-12 46.2 Helicase conserved C-terminal domain
XP_057792859.1 Pfam PF21010 HA2_C Domain 768 830 6.4e-10 40.1 Helicase associated domain (HA2), ratchet-like
XP_057792859.1 Pfam PF07717 OB_NTP_bind Domain 898 983 8.3e-12 45.8 Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold
XP_057792860.1 Pfam PF00270 DEAD Domain 106 261 3.6e-13 50.3 DEAD/DEAH box helicase
XP_057792860.1 Pfam PF00271 Helicase_C Domain 451 580 1.8e-11 45.0 Helicase conserved C-terminal domain
XP_057792860.1 Pfam PF21010 HA2_C Domain 675 737 5.8e-10 40.3 Helicase associated domain (HA2), ratchet-like
XP_057792860.1 Pfam PF07717 OB_NTP_bind Domain 805 890 7.8e-12 45.9 Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936876.1
TAAAACCGAATGGGGGCAAAGTAAACCGCCTTCGCAAAATTGGAAAATAGCAAAAGCTCTCACAAAAACTGAAAACCTCAACAACTTCTCAAATCCCTTCTTCTCTCCAAATTCAACTCAGAAAATCCATCTACAGTGATCGGAGGAGATTGCCGCGCCTTCAATTTCGCACCAAGACAGAGAGAGAGAGAGAAAGAAAAGCTAGAAAAAATAGGGAAGAACAAGAGAAAGAGAATGGGCCCACCAGGTTCATCCGGGAA...
XM_057936877.1
GAGTTCAGATGATGAGGTATACAAATTTGAAGATAACCTCAACAATCAGGAGCGGGCGGCAGTGCACGTTATGAGCAGGAAAATGGGGTTCAAGTCAAAGAGCAACGGGCCAGGATCGTCGCATTTGTATCTATAAGTTAAAGAAGGAACTAGGCATTATGAAAGGGAGAGAGAACATTGCTTCTTTCAGATTTTCAGGGGATTCGCAGGCTGCTTTACAGGACTTGTTTTCTCGGTATCCCCCTAATGATGTGGATATG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131009503
ATGGGCCCACCAGGTTCATCCGGGAAGGAGGCGGGGCAGAAGCGGCACAAGAAAGAGAAGGTGGTTGTGTCGGAGGCCACCCGCATTCGCGTCGCGGAGATTCTGGAGAAGTTTCGGAGTTCAGATGATGAGGTATACAAATTTGAAGATAACCTCAACAATCAGGAGCGGGCGGCAGTGCACGTTATGAGCAGGAAAATGGGGTTCAAGTCAAAGAGCAACGGGAAAGGCCAGGATCGTCGCATTTGTATCTATAAGTT...
LOC131009503
ATGAAAGGGAGAGAGAACATTGCTTCTTTCAGATTTTCAGGGGATTCGCAGGCTGCTTTACAGGACTTGTTTTCTCGGTATCCCCCTAATGATGTGGATATGACTGGGAATAAGGTCGAAGTAAGTAGTGGACACAACGATGGTGGGGGAGTAAAGAGAGATGACTTTTTCTTGAAACCTGTGATGAATCCATCTGAAATTGCAAACAAGGTGGAATCACTTGCTTCCCGAATTGAGAAGGAGACGAGCTTGAAACAGCT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057792859.1
MGPPGSSGKEAGQKRHKKEKVVVSEATRIRVAEILEKFRSSDDEVYKFEDNLNNQERAAVHVMSRKMGFKSKSNGKGQDRRICIYKLKKELGIMKGRENIASFRFSGDSQAALQDLFSRYPPNDVDMTGNKVEVSSGHNDGGGVKRDDFFLKPVMNPSEIANKVESLASRIEKETSLKQLAENRSKLPIASFKDDITSTVKSNQVVLVCGETGCGKTTQVPQFLLDHAWSKGQTCKIVCTQPRRISATSVAERIASERGE...
XP_057792860.1
MKGRENIASFRFSGDSQAALQDLFSRYPPNDVDMTGNKVEVSSGHNDGGGVKRDDFFLKPVMNPSEIANKVESLASRIEKETSLKQLAENRSKLPIASFKDDITSTVKSNQVVLVCGETGCGKTTQVPQFLLDHAWSKGQTCKIVCTQPRRISATSVAERIASERGESIGDSIGYKIRMETKGGRNSSLVFCTNGVLLRVLVSKGKSRSKKTKSALANLTHIIVDEIHERDRFSDFMLAILRDMLPLHPHLRLVLMSATI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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