Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005565

染色体: Chr02 坐标: 75572911-75575420 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005565
名称SmilChr02G005565
描述uncharacterized SmilChr02G005565
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向75572911 - 75575420 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009530
GeneID131009530
locus_tag-
NCBI NameLOC131009530
原始查询LOC131009530

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814975]; symbol=AT2G04360; hit=AT2G04360; species=arabidopsis; confidence=high
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814975]; symbol=AT2G04360; hit=AT2G04360; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G04360 (AT2G04360)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814975]
identity=67.7; qcov=0.881; evalue=5.29e-110; confidence=high
RiceOs08g0345400 (P0410E11.116)
-
identity=69.8; qcov=0.815; evalue=3.07e-100; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009530

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057792911.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 1.00000 XP_057792911.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792911.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792911.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792911.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:75573164 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr2:75573191 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C14,C42
Chr2:75573248 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B60
Chr2:75573531 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 172 A11,A13,A14,A15,A16,A18,A20,A22,A24,A25,A3,A5,A6,A7,B1,B10,B100,B101,B103,B105,B106,B108,B109,B11,B112,B113,B114,B115,B118,B119,B120,B123,B124,B128,B13,B130,B131,B132,B133,B134,B135,B136,B137,B139,B14,B140,B15,B16,B18,B19,B2,B22,B24,B25,B29,B3,B30,B31,B32,B33,B34,B36,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B47,B48,B49,B5,B52,B53,B57,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B68,B69,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B78,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B92,B93,B94,B97,C10,C12,C13,C14,C15,C17,C19,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C28,C29,C3,C32,C33,C35,C36,C38,C39,C40,C42,C43,C46,C47,C48,C5,C50,C51,C53,C54,C56,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C68,C7,C70,C72,C73,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C82,C83,C85,C86,D11,D2,D3,D4,D9
Chr2:75574045 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B35,C60,C67
Chr2:75574728 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr2:75575110 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 44 A11,A16,A18,A3,B103,B111,B120,B124,B129,B134,B140,B16,B18,B48,B5,B50,B53,B54,B58,B66,B8,B80,B81,B82,B93,B94,B97,C13,C14,C19,C20,C32,C36,C41,C42,C43,C45,C46,C60,C68,C86,D10,D5,D6
Chr2:75575111 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 2 B106,B35
Chr2:75575111 T TC 1bp_insertion CDS_variant 2 B106,B35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936928.1
GCAAGAAATCCTTCGACGGTTGGAATGTTTTTCCAAGAAAACGAACATGATAGCAGCAAGCACCTCAATTGTTTCCTGCAACTCATATCTCCCGCCACTCAAACCCAATTCCCATCTTCCAAAATCATCTCTCTCTCCTCCCAAATCTTCAATTTCAATCCCCCTCAGCTCAGACCACAGCTGGGAGCTCGTAAAAATCGCGCCTTTAATCCTCAAGCCGGCGAATTTGCGCCGCCGGAGCTCGTTGAATGCTCAATCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009530
ATGCTCAATCTCAGCAAGACCCATCACTTGTTTCCGATGAAAATGAGCTCCTCGAAGACGGACGGCGGCGGCGGCGGTGGAGAGGAGGAGAGGGACTGGACTACGTCGTTTCTGCTGTTTGCTTTCTGGGCTGGTCTCATGTACTATATTTCCTTCCTCGCTCCTAATCAGACACCGGTCACAGATGAGTATTTTGTGAAGAAGCTGCTGAATTTGAAAGGTGATGATGGTTATGAGATGAATCAAGTGTTGGTAGCTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792911.1
MLNLSKTHHLFPMKMSSSKTDGGGGGGEEERDWTTSFLLFAFWAGLMYYISFLAPNQTPVTDEYFVKKLLNLKGDDGYEMNQVLVALWYIMGLWPLVYSMLLLPTARSSKSKIPVWPFVALSFFGGAYFLIPYFVLWRPPAPPVAEPELRRWPLNFLESKLTAGVTLAAGVAITAYAFSSGGDVWREFYQYFQGSKFIHVMSIDFALLSTFAPFWVYNDVTARKRDGRGSWLLPLSLVPFLGPSLYLLLRPPLEATSDEA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器