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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005571

染色体: Chr02 坐标: 75597822-75602866 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005571
名称SmilChr02G005571
描述protein CIA1
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向75597822 - 75602866 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009534
GeneID131009534
locus_tag-
NCBI NameLOC131009534
原始查询LOC131009534

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein CIA1
产物protein CIA1
ArabidopsisAT2G26060 (emb1345)
Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817147]
identity=68.4; qcov=0.98; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0252000 (OsWD40-140)
-
identity=68.2; qcov=0.95; evalue=1.91e-166; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0016226 (iron-sulfur cluster assembly); GO:0097361 (cytosolic [4Fe-4S] assembly targeting complex)
KEGG-
PfamPF00400 (WD40)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009534

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057792915.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057792916.1
3 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057792915.1
4 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057792915.1
5 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057792916.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:75598243 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B110
Chr2:75598279 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 A20
Chr2:75598279 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 A20
Chr2:75599003 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:75599050 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B27,C11,C69,C87
Chr2:75599096 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,B108,B80,D5
Chr2:75599328 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B93,C55
Chr2:75599581 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,B108,D5
Chr2:75601179 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:75601187 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,D5
Chr2:75602096 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A5,A7,B40,C78
Chr2:75602130 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 2 B104,B46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792915.1
372 aa
N
1
186
372
WD40
WD40
WD40
WD40
WD40
C
PF00400 WD40 13-54 aa PF00400 WD40 65-101 aa PF00400 WD40 109-145 aa PF00400 WD40 154-190 aa PF00400 WD40 201-240 aa
XP_057792916.1
358 aa
N
1
179
358
WD40
WD40
WD40
WD40
WD40
WD40
C
PF00400 WD40 13-54 aa PF00400 WD40 65-101 aa PF00400 WD40 109-145 aa PF00400 WD40 154-190 aa PF00400 WD40 201-240 aa PF00400 WD40 314-345 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792915.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 13 54 6.4e-49 163.0 WD domain, G-beta repeat
XP_057792915.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 65 101 6.4e-49 163.0 WD domain, G-beta repeat
XP_057792915.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 109 145 6.4e-49 163.0 WD domain, G-beta repeat
XP_057792915.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 154 190 6.4e-49 163.0 WD domain, G-beta repeat
XP_057792915.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 201 240 6.4e-49 163.0 WD domain, G-beta repeat
XP_057792916.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 13 54 1.7e-57 190.1 WD domain, G-beta repeat
XP_057792916.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 65 101 1.7e-57 190.1 WD domain, G-beta repeat
XP_057792916.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 109 145 1.7e-57 190.1 WD domain, G-beta repeat
XP_057792916.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 154 190 1.7e-57 190.1 WD domain, G-beta repeat
XP_057792916.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 201 240 1.7e-57 190.1 WD domain, G-beta repeat
XP_057792916.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 314 345 1.7e-57 190.1 WD domain, G-beta repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936933.1
ACACATTGTGAAAAATGGAGTATAAATTATGAATTACTCCACAAGAGCAGTAGATTATGTATACATTACTTGACTTTCTCTGACAAAATAATCTGTTTCGAAACAGTATTCAATCACTACTTGTTTCTCCTATGCATATAGAAGAACAATCACTACTAAAATCAAGCTCACAATCATCATCGAGTGAGAAATTGGTTGGAGAAATTTGGATGAATATTGTGCTCGTGTAGTTTGATTTGGCTTTTCTGTATTAGATAGAA...
XM_057936932.1
ATGAATTACTCCACAAGAGCAGTAGATTATGTATACATTACTTGACTTTCTCTGACAAAATAATCTGTTTCGAAACAGTATTCAATCACTACTTGTTTCTCCTATGCATATAGAAGAACAATCACTACTAAAATCAAGCTCACAATCATCATCGAGTGAGAAATTGGTTGGAGAAATTTGGATGAATATTGTGCTCGTGTAGTTTGATTTGGCTTTTCTGTATTAGATAGAATTTATCAAGCTAGATTTCCGGCTGCTTG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131009534
ATGAAGAATTTCGTGGACGAGAATTTCGAGCTGAATGAAGTTCAGAAACTCGAAGGTCACACTGATAGGGTTTGGAGCCTCGCCTGGAAACCGGCCACCGGCATCGACGGTGTCCCCGCCGTACTCGCCTCCTGCAGTGGAGACAAAACCGTCCGCGTCTGGGAACAGAGCCCTGCTACCGGCTGTTTCCAGTGCAAGGCAGTCTTGGAGGACACTCACACTAGGACTGTTAGATCATGCGCGTGGTCGCCGTGTGGGAA...
LOC131009534
ATGAAGAATTTCGTGGACGAGAATTTCGAGCTGAATGAAGTTCAGAAACTCGAAGGTCACACTGATAGGGTTTGGAGCCTCGCCTGGAAACCGGCCACCGGCATCGACGGTGTCCCCGCCGTACTCGCCTCCTGCAGTGGAGACAAAACCGTCCGCGTCTGGGAACAGAGCCCTGCTACCGGCTGTTTCCAGTGCAAGGCAGTCTTGGAGGACACTCACACTAGGACTGTTAGATCATGCGCGTGGTCGCCGTGTGGGAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057792915.1
MKNFVDENFELNEVQKLEGHTDRVWSLAWKPATGIDGVPAVLASCSGDKTVRVWEQSPATGCFQCKAVLEDTHTRTVRSCAWSPCGKLLATSSFDATTAIWEDVGGDFSCVATLEGHENEVKSVSWNASGSLLATCGRDKSVWIWEVLPHNEFECVSVLQGHTQDVKMVQWHPSVNILLSCSYDNSIKVWAEDGDSDDWHCIQTLNESNSGHTSTVWALSFNASGDKMVSCSDDLTIKIWGCDIIRMQSGDGNAPWTHIS...
XP_057792916.1
MKNFVDENFELNEVQKLEGHTDRVWSLAWKPATGIDGVPAVLASCSGDKTVRVWEQSPATGCFQCKAVLEDTHTRTVRSCAWSPCGKLLATSSFDATTAIWEDVGGDFSCVATLEGHENEVKSVSWNASGSLLATCGRDKSVWIWEVLPHNEFECVSVLQGHTQDVKMVQWHPSVNILLSCSYDNSIKVWAEDGDSDDWHCIQTLNESNSGHTSTVWALSFNASGDKMVSCSDDLTIKIWGCDIIRMQSGDGNAPWTHIS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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