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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003219

染色体: Chr01 坐标: 50966065-50970897 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003219
名称SmilChr01G003219
描述protein NRT1/ PTR FAMILY 5.1-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向50966065 - 50970897 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009566
GeneID131009566
locus_tag-
NCBI NameLOC131009566
原始查询LOC131009566

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein NRT1/ PTR FAMILY 5.1-like
产物protein NRT1/ PTR FAMILY 5.1-like
ArabidopsisAT2G40460 (AT2G40460)
Major facilitator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818640]
identity=27.6; qcov=0.641; evalue=3.55e-08; confidence=low
RiceOs01g0871600 (OsPOT)
-
identity=24.6; qcov=0.952; evalue=1.53e-06; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009566

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057792964.1
2 Vacuole 液泡 0.40000 XP_057792964.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.40000 XP_057792964.1
4 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057792964.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792964.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:50966194 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B28,C79
Chr1:50966217 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 2 B28,C79
Chr1:50966217 C CA 1bp_insertion CDS_variant 2 B28,C79
Chr1:50966235 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B28,C79
Chr1:50970102 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 4 A2,B13,B135,D2
Chr1:50970102 G GA 1bp_insertion CDS_variant 4 A2,B13,B135,D2
Chr1:50970187 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C42,C63
Chr1:50970585 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B109,B5,B85,C6,C8
Chr1:50970689 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B113
Chr1:50970767 GGT G 2bp_deletion frameshift_variant 10 B119,B12,B132,B17,B85,C17,C33,C6,C8,D8
Chr1:50970770 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B25,B84,B98
Chr1:50970770 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B25,B84,B98

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936981.1
AACAATATCATATGGCAGACTTGAGAAGAAGATGAGTACTCAAATATTAATCCACTTATATATGGAAACCGCTTAACATTAATCTCGTATTACACAACCATGAAGCCCATCCAAGTCCTACACTGGTGTCGGGAGACGTTTCATTACTACGTCGTCTTCACCAACTCCATCTTTTTCATCTTAGGACTCATATTGAGCTACAAGTTGGTGGAGAAGACATTTATGAGCATCTTGATCACACGTCTCAACGACGTATGGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009566
ATGAAGCCCATCCAAGTCCTACACTGGTGTCGGGAGACGTTTCATTACTACGTCGTCTTCACCAACTCCATCTTTTTCATCTTAGGACTCATATTGAGCTACAAGTTGGTGGAGAAGACATTTATGAGCATCTTGATCACACGTCTCAACGACGTATGGGAGGAATTTGACCTCCGAAGAGCTGTGATAGTCGTGAATTTGCAAGAAGGAACAGGCGCAATCCTCGTACCATTTTTCGCTTATGTAGCTGACGTTCATAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792964.1
MKPIQVLHWCRETFHYYVVFTNSIFFILGLILSYKLVEKTFMSILITRLNDVWEEFDLRRAVIVVNLQEGTGAILVPFFAYVADVHTGRFLMVFFSTTVCIIGLLLNSLAAANDDSGQLELRLFYPALGLMALAQAAQTATLQAFLDDQLRPMDLDEDLRQRRSEFWWILVSFLAAIFAQFGPLTGFHLRILAIVLIAVMGVMGFQSHR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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