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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002562`

染色体: Chr02 坐标: 44564245-44567379 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002562`
名称	SmilChr02G002562
描述	uncharacterized SmilChr02G002562
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	44564245 - 44567379 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009575`
GeneID	`131009575`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009575`
原始查询	`LOC131009575`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`ATMG00860` - identity=50.4; qcov=0.161; evalue=1.67e-37; confidence=weak
Rice	`Os08g0202300` - identity=44.2; qcov=0.576; evalue=4.14e-120; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF17917 (RT_RNaseH); PF17919 (RT_RNaseH_2); PF24626 (SH3_Tf2-1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009575

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057792974.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057792974.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057792974.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057792974.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057792974.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:44564281`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B36,B71,C34,C37
`Chr2:44564315`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C77
`Chr2:44564998`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C17
`Chr2:44566397`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr2:44566959`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B3,B53,C53
`Chr2:44566967`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr2:44566991`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B103,B66,C46,C50
`Chr2:44567003`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B130,B2,B35,C79
`Chr2:44567008`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D3
`Chr2:44567247`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B35,B36
`Chr2:44567258`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B60,B79,B92,C21,C61
`Chr2:44567278`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792974.1

813 aa

406

813

RVT_1

RT_RNaseH_2

RT_RNaseH

SH3_Tf2-1

PF00078 RVT_1 69-139 aa PF00078 RVT_1 154-209 aa PF17919 RT_RNaseH_2 272-366 aa PF17917 RT_RNaseH 297-395 aa PF24626 SH3_Tf2-1 620-684 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057792974.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	69	139	1.4e-21	78.0	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057792974.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	154	209	1.4e-21	78.0	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057792974.1`	Pfam	`PF17919`	RT_RNaseH_2	Domain	272	366	2.2e-29	102.2	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057792974.1`	Pfam	`PF17917`	RT_RNaseH	Domain	297	395	4.2e-26	91.8	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057792974.1`	Pfam	`PF24626`	SH3_Tf2-1	Domain	620	684	2.2e-19	70.0	Tf2-1-like, SH3 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057936991.1
ATGAGTGTTATCACCCACCTGGAAAATCAGATAGCCGCCACAACTAACACCCTCACTAAATTCATGTCTACTGTTGAATCCCGCTTTGCAGAACTTACCCCACCCCCGCCGCCGCCACCTCCCGTACCACCAGCTCCTACACCAATTCCACCATCTATTCTCGCCGCCCACTGCCAATCCCCGTTTTCATCTCCGGTGTTGCTGGTTCGGAAGAAAGACGGGACGTTCCGCTTCTGCGTGGATTACAGAGCACTCAATGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009575
ATGAGTGTTATCACCCACCTGGAAAATCAGATAGCCGCCACAACTAACACCCTCACTAAATTCATGTCTACTGTTGAATCCCGCTTTGCAGAACTTACCCCACCCCCGCCGCCGCCACCTCCCGTACCACCAGCTCCTACACCAATTCCACCATCTATTCTCGCCGCCCACTGCCAATCCCCGTTTTCATCTCCGGTGTTGCTGGTTCGGAAGAAAGACGGGACGTTCCGCTTCTGCGTGGATTACAGAGCACTCAATGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057792974.1
MSVITHLENQIAATTNTLTKFMSTVESRFAELTPPPPPPPPVPPAPTPIPPSILAAHCQSPFSSPVLLVRKKDGTFRFCVDYRALNAVTVRDNFPIPTIDELLDDLGKVRVFTKLDLHAGYHQIRVHHKDIAKTAFQTSDGHFEFLLFVPFLHNFVVVFFDDILVYSPTVEAHFDHLHRVFTCMSHQEFVLKASKCVFGQPSVEYLGHIVSEGSVLADPEKIDAMKPWPTPRTVKQLRGFLGLTGYYRRFVRHYAGIAAP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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