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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002569

染色体: Chr02 坐标: 44692150-44700080 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002569
名称SmilChr02G002569
描述uncharacterized SmilChr02G002569
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向44692150 - 44700080 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009578
GeneID131009578
locus_tag-
NCBI NameLOC131009578
原始查询LOC131009578

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=weak
ArabidopsisAT1G43760 (AT1G43760)
DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968]
identity=28.7; qcov=0.282; evalue=1.78e-16; confidence=weak
RiceOs06g0484800
-
identity=23.9; qcov=0.59; evalue=5.59e-21; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009578

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057792976.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057792976.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057792976.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792976.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792976.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:44693461 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B118,B41,B61,C51
Chr2:44693510 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B14,B98
Chr2:44693539 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A19,A2
Chr2:44696626 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B42,B43,B70,C57,C58
Chr2:44696631 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,A25,B113,B50,C18
Chr2:44696888 AAC A 2bp_deletion frameshift_variant 1 B40
Chr2:44696888 AAC A 2bp_deletion CDS_variant 1 B40
Chr2:44696896 C CAA 2bp_insertion frameshift_variant 1 B40
Chr2:44696896 C CAA 2bp_insertion CDS_variant 1 B40
Chr2:44697323 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B109,B74,C16
Chr2:44697465 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C87
Chr2:44697465 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936993.1
TTGTTGCTGCTGCTGCACGGCGGTTGCAGGCACCATCAGCCGATCTGCAGCAGGCGACTATCCTCCGGCTCCGGCTCCATAGCCGATCTGCATCAGGTGATCTGCAGCGGGTGTAAGTTGACTATCGGATTTCACCTCCGATTCCCAATCAACGGCGACCGGACTGTTACCACAGCCACCCGGCGTTAGCCTCTCTATGCTTAAGGAATATGCAGTTCTTTGCTGAGATTGCCGGCACGCCGTCGAACGTCCACCAACCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009578
ATGCAGTTCTTTGCTGAGATTGCCGGCACGCCGTCGAACGTCCACCAACCGATGCCGCCAACGTCGCCGATCAATCCACCGACGCCAACGATACAAATCAACCAACAACAGCCGATAATGGTTGATAAGGCAGGGCTGAATCTGCCGCAAGTTTCCAATAATTTCTCTACTCAACGTCATAGCCATGGAGAATGTCACGACAAAGAGAAATTTGATGTTGAATTTTCAAAGGGTGTGGCTGAGGAATCTACGCCGACGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792976.1
MQFFAEIAGTPSNVHQPMPPTSPINPPTPTIQINQQQPIMVDKAGLNLPQVSNNFSTQRHSHGECHDKEKFDVEFSKGVAEESTPTSFAGRTSGNSQDHKITTSNTNVSDLIKGDNTKKASATEFHRPSTTSFASLLRRPRQIERTPDVLVHRFTSLQPDFSGEIPTLRVPKEHLLPKINQFEHALIGRLLLRKGEKPRLLTDLKRDLQVAWNIDKDWQIIPMGKSFYTIKFNTAEDKAFVQKSTSWELPFGTMRLREWV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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