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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002574

染色体: Chr02 坐标: 44734887-44735411 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002574
名称SmilChr02G002574
描述glutathione S-transferase T3-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向44734887 - 44735411 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009583
GeneID131009583
locus_tag-
NCBI NameLOC131009583
原始查询LOC131009583

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述glutathione S-transferase T3-like
产物glutathione S-transferase T3-like
ArabidopsisAT3G47680 (AT3G47680)
DNA binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823922]
identity=26; qcov=0.598; evalue=1.5e-09; confidence=low
RiceOs09g0241700
-
identity=29.7; qcov=0.58; evalue=2.02e-08; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009583

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057792981.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792981.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792981.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057792981.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057792981.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:44734909 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B55,B87,C22,C74
Chr2:44734932 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C42
Chr2:44734934 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 D10
Chr2:44734934 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:44734970 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A3,B60
Chr2:44735000 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B48,C76
Chr2:44735028 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,C42
Chr2:44735033 TCC T 2bp_deletion frameshift_variant 5 B108,B35,B48,B71,C12
Chr2:44735033 TCC T 2bp_deletion CDS_variant 5 B108,B35,B48,B71,C12
Chr2:44735062 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,B13,B54,C42
Chr2:44735067 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 13 B119,B130,B136,B28,B29,B30,B35,B66,B76,C29,C70,C73,C76
Chr2:44735069 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 11 B119,B130,B28,B29,B35,B66,B76,C29,C70,C73,C76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936998.1
ATGGATCGAGACGATAATTCTTTCTTCAACTCTCAAAATTTCAATCCCTCCCAAGACTATTATCCAAATCTTGCTGATATTCCAAGCTCCAATGAATTCCCAGAGTTTGATTATGCTATGAATTCAGAACTCTCGCATAATCCAACTGATTCTCCTATTTCTGAATATTACCAAACCTCTGAAAAATTTTCTGCAAACCCTTCCAACAATGCGCAAAGTTGGACTAATATAGAAGATATATCACTAATGTCTGTTTGGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009583
ATGGATCGAGACGATAATTCTTTCTTCAACTCTCAAAATTTCAATCCCTCCCAAGACTATTATCCAAATCTTGCTGATATTCCAAGCTCCAATGAATTCCCAGAGTTTGATTATGCTATGAATTCAGAACTCTCGCATAATCCAACTGATTCTCCTATTTCTGAATATTACCAAACCTCTGAAAAATTTTCTGCAAACCCTTCCAACAATGCGCAAAGTTGGACTAATATAGAAGATATATCACTAATGTCTGTTTGGTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792981.1
MDRDDNSFFNSQNFNPSQDYYPNLADIPSSNEFPEFDYAMNSELSHNPTDSPISEYYQTSEKFSANPSNNAQSWTNIEDISLMSVWCFVSNNPIVGTNRNSNLFWKTVAAMYEHSRADNPEIGGRRSVESLRNHYKRLNKNITLWVAAYKKAYERRASGQSKEDIEKTTQAIYG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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