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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002603

染色体: Chr02 坐标: 45158131-45159911 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002603
名称SmilChr02G002603
描述uncharacterized SmilChr02G002603
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向45158131 - 45159911 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009590
GeneID131009590
locus_tag-
NCBI NameLOC131009590
原始查询LOC131009590

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
产物zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT2G01050 (AT2G01050)
zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]
identity=27.5; qcov=0.378; evalue=1.75e-15; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009590

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057792988.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057792988.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057792988.1
4 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.40000 XP_057792988.1
5 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.40000 XP_057792988.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:45158218 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A4,B53,B80,C13
Chr2:45158259 GTA G 2bp_deletion frameshift_variant 6 B20,B6,C2,C32,C63,C68
Chr2:45158350 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C86
Chr2:45158356 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B103,B21
Chr2:45158374 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B103,B21,C72
Chr2:45158374 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B103,B21,C72
Chr2:45158391 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C34,D10
Chr2:45158441 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B93
Chr2:45158441 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B93
Chr2:45158478 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr2:45158490 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72
Chr2:45158613 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C18

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937005.1
ATGGCTAAGGGATTCTTCATTGTTAAATTTTTGACGATGGAAGCAAAAAAGAAAGCTAAGGGAAGTTCTTTTCTCCAATTGTCAATCGGCCACGTACGCTTCCGTGAATGGACTAGGTATTTCGATCCGTATAAAGAAGTGTCGTCTCTGGCTCAGGTCTGGGTCCGGATATACTATCTCCCTGTGGAGTTATGGACTCCGGTGATTATTGCTGGTATAGGTCGTGTTCTTGGTCATCCGCTGCGAATCGATAACGCCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009590
ATGGCTAAGGGATTCTTCATTGTTAAATTTTTGACGATGGAAGCAAAAAAGAAAGCTAAGGGAAGTTCTTTTCTCCAATTGTCAATCGGCCACGTACGCTTCCGTGAATGGACTAGGTATTTCGATCCGTATAAAGAAGTGTCGTCTCTGGCTCAGGTCTGGGTCCGGATATACTATCTCCCTGTGGAGTTATGGACTCCGGTGATTATTGCTGGTATAGGTCGTGTTCTTGGTCATCCGCTGCGAATCGATAACGCCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792988.1
MAKGFFIVKFLTMEAKKKAKGSSFLQLSIGHVRFREWTRYFDPYKEVSSLAQVWVRIYYLPVELWTPVIIAGIGRVLGHPLRIDNASATGHVRHFARVLMELDMALPILNSIYIDDGDRSFYIEFGFESMPLFCSRCKFTGHSTDKCRRADRATSRQKIIEEPPALVVKNLAKGEGPTPAWQPKVDIAKPLSGPDLLETATVPKVEETIIADSNYEADVALNEGENDGSPHTDNNLASDKEGSNVEGTLELEDQDSSSVR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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