Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002615`

染色体: Chr02 坐标: 45315985-45319676 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002615`
名称	SmilChr02G002615
描述	uncharacterized SmilChr02G002615
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	45315985 - 45319676 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009596`
GeneID	`131009596`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009596`
原始查询	`LOC131009596`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	K-box region protein (DUF1985) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840000]; symbol=AT1G31150; hit=AT1G31150; species=arabidopsis; confidence=weak
产物	K-box region protein (DUF1985) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840000]; symbol=AT1G31150; hit=AT1G31150; species=arabidopsis; confidence=weak
Arabidopsis	`AT1G31150` (AT1G31150) K-box region protein (DUF1985) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840000] identity=24.2; qcov=0.26; evalue=5.19e-09; confidence=weak
Rice	`-` -
GO	GO:0006508 (proteolysis); GO:0008234 (cysteine-type peptidase activity)
KEGG	-
Pfam	PF02902 (Peptidase_C48); PF09331 (DUF1985); PF29561 (DUF8566)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009596

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057792993.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057792993.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057792993.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057792993.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057792993.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:45316226`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B4
`Chr2:45316259`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C63
`Chr2:45316260`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B56
`Chr2:45316275`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B56
`Chr2:45316309`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B56
`Chr2:45316310`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B56
`Chr2:45316758`	`G`	`GAC`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B32
`Chr2:45316758`	`G`	`GAC`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B32
`Chr2:45316798`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B53
`Chr2:45316847`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C52
`Chr2:45316937`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B107,B61,C37,C43,C49
`Chr2:45316947`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A5,B92,C18,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792993.1

938 aa

469

938

DUF8566

DUF1985

Peptidase_C48

PF29561 DUF8566 113-301 aa PF09331 DUF1985 146-274 aa PF02902 Peptidase_C48 722-929 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057792993.1`	Pfam	`PF29561`	DUF8566	Domain	113	301	2.3e-11	44.6	Domain of unknown function (DUF8566)
`XP_057792993.1`	Pfam	`PF09331`	DUF1985	Family	146	274	1.2e-12	48.7	Domain of unknown function (DUF1985)
`XP_057792993.1`	Pfam	`PF02902`	Peptidase_C48	Domain	722	929	1.1e-08	35.8	Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937010.1
CTCGGTTGAAACAAAAGGCAAAAGAATAGAAACTTGCCAATAGAAACCCTCTTCACGCCCAATAGCTCGATCTCTCCCAGTCTGAAACTTGCCAGCGCGCGGCAGCGAGTCTTCCATGTCCGGCGAGCCCTCCATGGCCGACAGAACTCCCTCTCTCTCGTCACTTTGAAATTCCACCCTCTGGCGAAATCTCCTCCACCGACGCTCTAGCAATGAGCACTAATTCTTCGCCGTCTAAGTCGACGGCGGAAGGAGAGCTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009596
ATGAGCACTAATTCTTCGCCGTCTAAGTCGACGGCGGAAGGAGAGCTGCCGAACTCGCTACTGCCGCAGACGAAATGTGACTCCAAAAGGCGACCTCCGCCGAAGTCAGCGGCCGATGAAGAGTCGGCGACGGCGGAGGAGGAGACCACTGCTGCAGAGGATGAAGTATTAGCACCGGCGAACGAACCACATCCTCCGCCTAGGTTTACATGGGCGAGACCATTAATGCAAGGATATAAGGGCCGTATCAACCAATATGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057792993.1
MSTNSSPSKSTAEGELPNSLLPQTKCDSKRRPPPKSAADEESATAEEETTAAEDEVLAPANEPHPPPRFTWARPLMQGYKGRINQYVRDEVVEHVRLTLEQVGGEEAIERFKEGPFGHFLDLRIGNSANNALHELMAHELEDATFSEQERWFHIGGTDIVFTAQDYTLVTGLAFTKKNYDPNSKKHVISKTSMYRRVSKGKKMKIDMLRHNFNAQQFGDNVDDYLKAANIIFLYHLLICGGNVWIADWVWALVEDVERWS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器