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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002630

染色体: Chr02 坐标: 45684161-45685721 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002630
名称SmilChr02G002630
描述uncharacterized SmilChr02G002630
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向45684161 - 45685721 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009602
GeneID131009602
locus_tag-
NCBI NameLOC131009602
原始查询LOC131009602

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009602

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057793000.1
2 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057793000.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793000.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793000.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057793000.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:45684170 T TA 1bp_insertion stop_gained,frameshift_variant 2 C20,C72
Chr2:45684170 T TA 1bp_insertion CDS_variant 2 C20,C72
Chr2:45684193 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 53 A14,A20,A4,A7,A9,B1,B100,B102,B104,B114,B124,B125,B127,B131,B14,B15,B16,B22,B23,B37,B38,B60,B64,B71,B78,B81,B82,B90,B92,C16,C17,C19,C22,C27,C30,C31,C32,C35,C36,C45,C46,C48,C53,C54,C56,C59,C6,C61,C67,C70,C74,D11,D8
Chr2:45684238 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B128,B18,B38,C70
Chr2:45684262 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B102,B14,B15,B38,C70
Chr2:45684402 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B19
Chr2:45684555 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B118,C51
Chr2:45685479 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B21,B28,C26
Chr2:45685579 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B105,B4,B78,B97

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937017.1
ATGTTGATTTACATATCTAATGCAGCCAATAAAGGGGGTGTTGTTGGTGGCACGAAAGGGACGAATTCAAAGGTTCCGCTAGATTCTGGAAGTAACAGAGACGAAGTGGGTGAGAAAGACAGCAGGACGGATGGAAATCCAGTGCTAGCTACAAGCACTAGGGCTGCCCTTACTGGTGAAAGTACTGAAGTTGGTGTAACTGTTGGAGCTATGGTTGCTGAAGAGCATTGCATTGGACCAGCCAGTGGCGAAAATGAAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009602
ATGTTGATTTACATATCTAATGCAGCCAATAAAGGGGGTGTTGTTGGTGGCACGAAAGGGACGAATTCAAAGGTTCCGCTAGATTCTGGAAGTAACAGAGACGAAGTGGGTGAGAAAGACAGCAGGACGGATGGAAATCCAGTGCTAGCTACAAGCACTAGGGCTGCCCTTACTGGTGAAAGTACTGAAGTTGGTGTAACTGTTGGAGCTATGGTTGCTGAAGAGCATTGCATTGGACCAGCCAGTGGCGAAAATGAAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793000.1
MLIYISNAANKGGVVGGTKGTNSKVPLDSGSNRDEVGEKDSRTDGNPVLATSTRAALTGESTEVGVTVGAMVAEEHCIGPASGENEVQLPIGNDPAMCIGISKIADGGQQSHVEIGFEAEVRKGNGLVSRCTVMTNIAGRGKENFVYENPNKVVKRFRSGRF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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