Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002666`

染色体: Chr02 坐标: 46156535-46157296 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002666`
名称	SmilChr02G002666
描述	uncharacterized SmilChr02G002666
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	46156535 - 46157296 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009611`
GeneID	`131009611`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009611`
原始查询	`LOC131009611`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os02g0118800; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os02g0118800; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G25270` (AT3G25270) Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822121] identity=29.7; qcov=0.613; evalue=2.91e-11; confidence=low
Rice	`Os02g0118800` - identity=31; qcov=0.779; evalue=4.66e-15; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF13966 (zf-RVT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009611

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057793009.1`
2	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057793009.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057793009.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057793009.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057793009.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:46156539`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B75
`Chr2:46156560`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B140
`Chr2:46156560`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr2:46156578`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	28	A18,A21,B112,B119,B12,B123,B124,B128,B135,B136,B27,B3,B41,B44,B46,B61,B63,B95,C14,C22,C24,C29,C33,C47,C5,C55,C69,C73
`Chr2:46156596`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B104,B5,D10
`Chr2:46156604`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr2:46156629`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B100
`Chr2:46156646`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A11,B25
`Chr2:46156745`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B65,C11,C69
`Chr2:46156749`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B7
`Chr2:46156759`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr2:46156760`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B101,B115,B128,C45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793009.1

253 aa

126

253

zf-RVT

PF13966 zf-RVT 57-150 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057793009.1`	Pfam	`PF13966`	zf-RVT	Domain	57	150	3.6e-22	79.5	zinc-binding in reverse transcriptase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937026.1
ATGGGAGAGTGGTCTGATGGAATCTGGAGTTGGAATTTGAACTGGAAACGCGAGTTGAGGGGGAGAGAACTGGATCAGTTTTCTTCCCTTTCCTCGTTGATCAACAGTTTTGATATTATTGCAGGTAAACCAGGAGGATGGAGGTGGAAAGCTGACCCAAAAGGCATCTTCTCAGTCAAAGAAGCGTACCGTGCCGTTAGCAAATCAACCGAAACCAATTTCAACGATGAGTGTGATCTGAAATTTCTTCAGATTTGGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009611
ATGGGAGAGTGGTCTGATGGAATCTGGAGTTGGAATTTGAACTGGAAACGCGAGTTGAGGGGGAGAGAACTGGATCAGTTTTCTTCCCTTTCCTCGTTGATCAACAGTTTTGATATTATTGCAGGTAAACCAGGAGGATGGAGGTGGAAAGCTGACCCAAAAGGCATCTTCTCAGTCAAAGAAGCGTACCGTGCCGTTAGCAAATCAACCGAAACCAATTTCAACGATGAGTGTGATCTGAAATTTCTTCAGATTTGGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057793009.1
MGEWSDGIWSWNLNWKRELRGRELDQFSSLSSLINSFDIIAGKPGGWRWKADPKGIFSVKEAYRAVSKSTETNFNDECDLKFLQIWKAKAPFKAKMTAWRLLKGRLATTDNLLRRQVQLPNEELTCILCKDQAESIDHLFFSCQMTTEVWNSILLWIGKHAALHIRAKDHLLAFSNLGSKADNFLLTSVWICVIWSVWNWRNEGKFNKDIWSKDKILAEIKTRVWGWKSAFSLTTSSPDFRSWFVGDQILGCS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器