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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002751

染色体: Chr02 坐标: 47536964-47538247 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002751
名称SmilChr02G002751
描述protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向47536964 - 47538247 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009631
GeneID131009631
locus_tag-
NCBI NameLOC131009631
原始查询LOC131009631

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
产物protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
ArabidopsisAT4G38180 (FRS5)
FAR1-related sequence 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829974]
identity=32.1; qcov=1.01; evalue=3.59e-75; confidence=low
RiceOs07g0615900
-
identity=42.7; qcov=0.948; evalue=5.97e-120; confidence=medium
GOGO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
PfamPF04434 (SWIM); PF10551 (MULE); PF21056 (ZSWIM1-3_RNaseH-like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009631

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057793028.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057793028.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057793028.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793028.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793028.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:47537264 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:47537779 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B17,B90,C44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793028.1
427 aa
N
1
214
427
ZSWIM1-3_RNaseH-like
MULE
SWIM
C
PF21056 ZSWIM1-3_RNaseH-like 58-176 aa PF10551 MULE 93-187 aa PF04434 SWIM 373-407 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793028.1 Pfam PF21056 ZSWIM1-3_RNaseH-like Domain 58 176 2e-09 38.1 Zinc finger SWIM domain-containing protein 1/3, RNaseH-like domain
XP_057793028.1 Pfam PF10551 MULE Domain 93 187 1.4e-21 77.4 MULE transposase domain
XP_057793028.1 Pfam PF04434 SWIM Domain 373 407 4.4e-05 23.6 SWIM zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937045.1
ATGCCGCCAAAGTCAGTTGCTGAGTTGTTATTAGCAGGAGCGGGAGGTCAGGACGATCCCATTTTTGATCCTATAGATCACGAGATGAATCTTACATCCAAACGAGCTTGGAACATGATGCAGGAAGAAGCTGAAAGTTTCCACCGGTATTTCCAGAACAAGAAACTGAAGGATCCGTCTTTTGTTTATGCTGTACAGCTTGATGTTGAAGAGGAAATGACCAATTTCTTCTGGGCTGATGAGAAGATGTTGGTGGACTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009631
ATGCCGCCAAAGTCAGTTGCTGAGTTGTTATTAGCAGGAGCGGGAGGTCAGGACGATCCCATTTTTGATCCTATAGATCACGAGATGAATCTTACATCCAAACGAGCTTGGAACATGATGCAGGAAGAAGCTGAAAGTTTCCACCGGTATTTCCAGAACAAGAAACTGAAGGATCCGTCTTTTGTTTATGCTGTACAGCTTGATGTTGAAGAGGAAATGACCAATTTCTTCTGGGCTGATGAGAAGATGTTGGTGGACTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793028.1
MPPKSVAELLLAGAGGQDDPIFDPIDHEMNLTSKRAWNMMQEEAESFHRYFQNKKLKDPSFVYAVQLDVEEEMTNFFWADEKMLVDYGDFGDVVCFDTTYRLNKDWRPLVLFFGINNHKQILVFGAGFLYDNTAQSLKWILRTFIKAMSGKTPKTILSDKNAILSEVISSELPETQHRLCTWQIYQNALKHLNEVVVSSDSFSSDLCGCFLHLDEEDFVNSWKVMLDTYSLWENEWLRGVFEEREKWALPYSKHIFSADI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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