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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002838

染色体: Chr02 坐标: 48513143-48513604 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002838
名称SmilChr02G002838
描述uncharacterized SmilChr02G002838
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向48513143 - 48513604 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009648
GeneID131009648
locus_tag-
NCBI NameLOC131009648
原始查询LOC131009648

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF14303 (NAM-associated)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009648

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057793042.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793042.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793042.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057793042.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057793042.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:48513153 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,C5,C74
Chr2:48513167 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 57 A1,A25,A3,A6,B102,B106,B112,B115,B118,B12,B126,B136,B138,B140,B16,B17,B2,B25,B31,B34,B36,B44,B46,B49,B51,B55,B60,B61,B79,B87,B90,B92,B93,C12,C16,C17,C19,C2,C20,C21,C23,C24,C3,C39,C45,C50,C54,C61,C63,C71,C73,C81,D3,D4,D6,D7,D8
Chr2:48513190 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 154 A1,A10,A13,A14,A16,A18,A2,A20,A22,A24,A4,A5,A9,B1,B10,B101,B107,B108,B11,B110,B114,B115,B117,B12,B121,B122,B124,B125,B127,B128,B129,B131,B132,B133,B134,B135,B136,B137,B14,B140,B15,B18,B21,B22,B23,B26,B27,B28,B3,B30,B31,B32,B33,B35,B37,B38,B39,B4,B42,B43,B44,B46,B48,B5,B52,B53,B54,B57,B58,B59,B6,B62,B64,B65,B66,B67,B68,B70,B71,B73,B74,B76,B77,B78,B8,B80,B82,B84,B85,B88,B9,B91,B94,B95,B98,C1,C10,C11,C13,C14,C15,C17,C19,C20,C24,C25,C26,C27,C29,C31,C33,C37,C41,C42,C44,C45,C46,C48,C49,C51,C52,C53,C54,C55,C57,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C66,C67,C69,C7,C74,C76,C77,C79,C8,C80,C82,C83,C84,C85,C87,D1,D10,D2,D5,D7,D8,D9
Chr2:48513207 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A24,C78
Chr2:48513231 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,C52,D8
Chr2:48513243 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,A24,C5,C78
Chr2:48513245 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A5,B132,B32,C78
Chr2:48513283 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,C5
Chr2:48513288 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B131,B26,C5
Chr2:48513297 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A3,B60
Chr2:48513306 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A5,B132,B32,C78
Chr2:48513337 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B117,B24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793042.1
153 aa
N
1
76
153
NAM-associated
C
PF14303 NAM-associated 8-135 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793042.1 Pfam PF14303 NAM-associated Family 8 135 6.9e-10 40.7 No apical meristem-associated C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937059.1
ATGTTCGAGGCGAATTTCAAGAAGCAATTTTCCTACATCAAAGCTTGGAAAGTCCTGTGCGAGTGTGAAAGATTCATGTCGCAAGTCGGGGATGTCCACTCCGCGAAGAAGTCGAAGGGCTCCGATGGCCAAGCAACCACCACTTCTTCGGAGCCGAGTATCACGACTAGGCCTCAAGGCCAAAAAGCGACAAAGCGAGACAAGGGGAAAGGGAAGAAGGGAGAAGGATCTTCGAGAGGCATCTCGGTCTTCGAGGCCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009648
ATGTTCGAGGCGAATTTCAAGAAGCAATTTTCCTACATCAAAGCTTGGAAAGTCCTGTGCGAGTGTGAAAGATTCATGTCGCAAGTCGGGGATGTCCACTCCGCGAAGAAGTCGAAGGGCTCCGATGGCCAAGCAACCACCACTTCTTCGGAGCCGAGTATCACGACTAGGCCTCAAGGCCAAAAAGCGACAAAGCGAGACAAGGGGAAAGGGAAGAAGGGAGAAGGATCTTCGAGAGGCATCTCGGTCTTCGAGGCCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793042.1
MFEANFKKQFSYIKAWKVLCECERFMSQVGDVHSAKKSKGSDGQATTTSSEPSITTRPQGQKATKRDKGKGKKGEGSSRGISVFEALEKVAESMKEHALQTGQIAEVKNVQAEMKQEEIDMKLLNTDTTNMTGAQLALHNHLVQEVLKRRGLI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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