Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003267`

染色体: Chr01 坐标: 51346818-51353740 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003267`
名称	SmilChr01G003267
描述	glycine-rich cell wall structural protein 1.8-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	51346818 - 51353740 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009650`
GeneID	`131009650`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009650`
原始查询	`LOC131009650`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	glycine-rich cell wall structural protein 1.8-like
产物	glycine-rich cell wall structural protein 1.8-like
Arabidopsis	`AT3G22125` (AT3G22125) uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28719301] identity=44; qcov=0.611; evalue=6.97e-12; confidence=low
Rice	`Os03g0601000` - identity=24.2; qcov=0.535; evalue=4.77e-09; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009650

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057793047.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057793047.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057793047.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057793047.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057793047.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:51346913`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B82,C24,C87
`Chr1:51346966`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B1,B126
`Chr1:51346967`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A8,A9,B26
`Chr1:51346970`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A8,A9,B26
`Chr1:51346974`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	A8,A9,B26
`Chr1:51346974`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A8,A9,B26
`Chr1:51346999`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A2,B136,B18,B48
`Chr1:51347015`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A21,B101
`Chr1:51347030`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B112,B25,C41
`Chr1:51347033`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A21,B101
`Chr1:51347035`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A9,B71
`Chr1:51347038`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A21,B101

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937064.1
ATGAGTGATGGTCAAATCCTGGATCAAGCAGAGGCAATGTGGCTAGCCGAGTGTCGTGTTCCGTTCCGGTATCCGCATGCATGGAAGATCTTGCGCGAGTCCAAGAAATTTGCAAGTCTCGGTGAGGATGTTCACTCCGATGTCCATTCGGACAAACGATCAAAGGGCTCCGACGGTCTTCCCACAACGACTTCTAGCGACGCGAGTATCTCCACCCGGCCCCAAGGGCAAAAGGCGGCCAAGAGAGACAAACGGAAAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009650
ATGAGTGATGGTCAAATCCTGGATCAAGCAGAGGCAATGTGGCTAGCCGAGTGTCGTGTTCCGTTCCGGTATCCGCATGCATGGAAGATCTTGCGCGAGTCCAAGAAATTTGCAAGTCTCGGTGAGGATGTTCACTCCGATGTCCATTCGGACAAACGATCAAAGGGCTCCGACGGTCTTCCCACAACGACTTCTAGCGACGCGAGTATCTCCACCCGGCCCCAAGGGCAAAAGGCGGCCAAGAGAGACAAACGGAAAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057793047.1
MSDGQILDQAEAMWLAECRVPFRYPHAWKILRESKKFASLGEDVHSDVHSDKRSKGSDGLPTTTSSDASISTRPQGQKAAKRDKRKGKKKTEETSEDNQKALGYMDGVHTFGGEAVGGDDVGGDVEGGEVVGGDAVGGDDVDGDVVGGDDVGGEVEGGDAIGGETVGGEGVGGEAIGGDNGGGDVDGGEAVGGEAVGGDAIGGGDVVGGANVGGDAVGGEAVGGDAVGGDDVGGEGVGGDEVGGEAIGGVDVGGEVVGGD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器