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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002903

染色体: Chr02 坐标: 49347006-49348582 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002903
名称SmilChr02G002903
描述uncharacterized SmilChr02G002903
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向49347006 - 49348582 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009654
GeneID131009654
locus_tag-
NCBI NameLOC131009654
原始查询LOC131009654

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low
产物hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs06g0523701
-
identity=38; qcov=0.377; evalue=1.34e-26; confidence=low
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009654

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057793049.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057793049.1
3 Telomere 端粒 0.20000 XP_057793049.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793049.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057793049.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:49347016 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B33,B80,C60
Chr2:49347059 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B33,B80,B96,C60
Chr2:49347313 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B33,B78,B80,B96,C60
Chr2:49347314 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B21,B86,C17,C67,C87
Chr2:49347322 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,B124,C63,C7
Chr2:49347331 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B109,B123,B136
Chr2:49347332 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B21,B86,C67,C87
Chr2:49347336 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B46,B6,C71
Chr2:49347340 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,B96
Chr2:49347360 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B46,B6,C71
Chr2:49347362 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr2:49347365 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A22,B42,B43,B86,C67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937066.1
ATGCCTAGAAGGAAAGATCTTTCTTCCTTTGAGAGAGTTGTCACCATCCAATCCCTTCTTGAAGGAAGCAAAAGTGGAAAACCTGATAGAGGCAAGATAACTGCTGCGGTGCAAAAGTGGAGCTATTTGTCAAAAAGATCTACTATTAGAAGGCTAGCATGTGGGATTAAATGCAGTAAAAGCACTGTAGGCAGGTGGATAAAATATGGACTGATCAGGGCTCATTCAAATGCGATAAAATCCGATCTTACAGCTCCAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009654
ATGCCTAGAAGGAAAGATCTTTCTTCCTTTGAGAGAGTTGTCACCATCCAATCCCTTCTTGAAGGAAGCAAAAGTGGAAAACCTGATAGAGGCAAGATAACTGCTGCGGTGCAAAAGTGGAGCTATTTGTCAAAAAGATCTACTATTAGAAGGCTAGCATGTGGGATTAAATGCAGTAAAAGCACTGTAGGCAGGTGGATAAAATATGGACTGATCAGGGCTCATTCAAATGCGATAAAATCCGATCTTACAGCTCCAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793049.1
MPRRKDLSSFERVVTIQSLLEGSKSGKPDRGKITAAVQKWSYLSKRSTIRRLACGIKCSKSTVGRWIKYGLIRAHSNAIKSDLTAPNKLLRLRFSLEALEYDMILRSLTFKSMHNTIHIDEKWFYITKSAQRFYLTPEEIEPHRTCKKKKLITNVMFMCDVCRPVFGVDGSRLFDGKIENFPFTELVPTKRNSKNRAAGTMEWKPIQSITKQVVKDCLINQIVPAIKAKWPANASKTIYIQQDNVRPHIQDSDPDFRAIA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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