当前解析结果
SmilChr02G002918| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002918 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002918 |
| 描述 | protein SRC2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 49483859 - 49484563 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131009657 |
|---|---|
| GeneID | 131009657 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131009657 |
| 原始查询 | LOC131009657 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein SRC2-like |
| 产物 | protein SRC2-like |
| Arabidopsis | AT1G09070 (SRC2)soybean regulated by cold-2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837428] identity=33.8; qcov=0.772; evalue=6.58e-21; confidence=low |
| Rice | Os01g0934100- identity=37.4; qcov=0.772; evalue=4.5e-16; confidence=low |
| GO | GO:0006952 (defense response) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00168 (C2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131009657 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.60000 | XP_057793052.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057793052.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057793052.1 |
| 4 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057793052.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057793052.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:49483876 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B127 |
Chr2:49483941 |
A |
ACG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B131 |
Chr2:49483941 |
A |
ACG |
2bp_insertion | CDS_variant | 1 | B131 |
Chr2:49484086 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C3 |
Chr2:49484086 |
GC |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C3 |
Chr2:49484286 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C78 |
Chr2:49484286 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C78 |
Chr2:49484354 |
A |
ACC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 102 | A10,A11,A13,A19,A20,A3,A4,A7,A9,B100,B103,B104,B105,B108,B113,B121,B125,B128,B129,B13,B131,B135,B136,B137,B140,B18,B2,B21,B22,B30,B32,B34,B37,B38,B39,B40,B41,B42,B43,B45,B47,B48,B5,B50,B54,B59,B6,B60,B63,B64,B66,B69,B70,B71,B72,B83,B86,B87,B91,B98,B99,C1,C14,C16,C19,C23,C24,C25,C26,C29,C37,C4,C41,C43,C46,C50,C52,C56,C57,C58,C6,C62,C64,C65,C66,C67,C7,C70,C74,C76,C79,C8,C80,C81,C85,C86,D10,D11,D2,D3,D7,D9 |
Chr2:49484380 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B22 |
Chr2:49484388 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B77 |
Chr2:49484395 |
G |
GCA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 105 | A10,A11,A13,A19,A20,A3,A4,A7,A9,B100,B103,B104,B105,B108,B113,B121,B125,B128,B129,B13,B131,B137,B140,B18,B2,B21,B22,B30,B32,B34,B37,B38,B39,B40,B42,B43,B45,B47,B48,B5,B50,B54,B59,B6,B60,B63,B64,B66,B69,B70,B71,B72,B8,B81,B83,B86,B87,B91,B93,B98,B99,C1,C14,C16,C19,C2,C23,C24,C25,C26,C29,C32,C36,C37,C4,C41,C43,C46,C50,C52,C56,C57,C58,C62,C64,C65,C66,C67,C68,C7,C70,C74,C76,C79,C8,C80,C81,C85,C86,D10,D11,D2,D3,D7,D9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057793052.1PF00168
C2 5-102 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057793052.1 |
Pfam | PF00168 |
C2 | Domain | 5 | 102 | 5.9e-12 | 46.4 | C2 domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。