当前解析结果
SmilChr02G002945| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002945 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002945 |
| 描述 | protein SRC2 homolog |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 49966577 - 49967050 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131009668 |
|---|---|
| GeneID | 131009668 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131009668 |
| 原始查询 | LOC131009668 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein SRC2 homolog |
| 产物 | protein SRC2 homolog |
| Arabidopsis | AT1G09070 (SRC2)soybean regulated by cold-2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837428] identity=37.5; qcov=0.662; evalue=1.21e-15; confidence=low |
| Rice | Os05g0149100- identity=33.3; qcov=0.898; evalue=1.53e-13; confidence=low |
| GO | GO:0006952 (defense response) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00168 (C2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131009668 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057793063.1 |
| 2 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.40000 | XP_057793063.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057793063.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057793063.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057793063.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:49966638 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B107 |
Chr2:49966653 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A4,B99 |
Chr2:49966654 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B107 |
Chr2:49966707 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C87 |
Chr2:49966712 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B94 |
Chr2:49966735 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | C69 |
Chr2:49966735 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C69 |
Chr2:49966901 |
C |
CG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 3 | B53,B71,C53 |
Chr2:49966901 |
C |
CG |
1bp_insertion | CDS_variant | 3 | B53,B71,C53 |
Chr2:49966931 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B100,B41,C4,C70 |
Chr2:49967003 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B124,C48,C87 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057793063.1PF00168
C2 5-104 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057793063.1 |
Pfam | PF00168 |
C2 | Domain | 5 | 104 | 1.2e-11 | 45.4 | C2 domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。