Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002998`

染色体: Chr02 坐标: 50658167-50661762 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002998`
名称	SmilChr02G002998
描述	uncharacterized SmilChr02G002998
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	50658167 - 50661762 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009682`
GeneID	`131009682`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009682`
原始查询	`LOC131009682`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os02g0118800; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os02g0118800; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G09510` (AT3G09510) Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820108] identity=30.5; qcov=0.669; evalue=1.12e-12; confidence=low
Rice	`Os02g0118800` - identity=30.4; qcov=0.696; evalue=6.86e-13; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF13966 (zf-RVT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009682

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057793076.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057793076.1`
3	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057793076.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057793076.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057793076.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:50658201`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B108,C2
`Chr2:50658264`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C13,C52
`Chr2:50658281`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B84
`Chr2:50658287`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B17,B47,C73
`Chr2:50658299`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C13,C52
`Chr2:50658303`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B84
`Chr2:50658303`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B84
`Chr2:50661153`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B105,B75,C11,C69,D1
`Chr2:50661159`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B31,C27,C83
`Chr2:50661159`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B31,C27,C83
`Chr2:50661161`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B123
`Chr2:50661161`	`C`	`CT`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B123

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793076.1

260 aa

130

260

zf-RVT

PF13966 zf-RVT 57-150 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057793076.1`	Pfam	`PF13966`	zf-RVT	Domain	57	150	9.7e-19	68.5	zinc-binding in reverse transcriptase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937093.1
ATGGGGGAGTGGATTGACGGGGTGTGGGTCTGGTCTTTGAATTGGATCCGAGGCTTACGCGCGAGAGATGAAGAACAGGTGTCTTACCTCAAAACGCATATCAATAACTTTGCCTTGGTGGCTGGGAGAAACGATGAGTGGAAATGGAAAGCAAACTCCAATGGTGTGTTCACTGTTAAAACGGCGTACAGAGCTATTCGGAAGGCAGCTGCTTTGAACGAGACTGGGGGAAAGAAATTTGAGTTCTCTCTCATATGGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009682
ATGGGGGAGTGGATTGACGGGGTGTGGGTCTGGTCTTTGAATTGGATCCGAGGCTTACGCGCGAGAGATGAAGAACAGGTGTCTTACCTCAAAACGCATATCAATAACTTTGCCTTGGTGGCTGGGAGAAACGATGAGTGGAAATGGAAAGCAAACTCCAATGGTGTGTTCACTGTTAAAACGGCGTACAGAGCTATTCGGAAGGCAGCTGCTTTGAACGAGACTGGGGGAAAGAAATTTGAGTTCTCTCTCATATGGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057793076.1
MGEWIDGVWVWSLNWIRGLRARDEEQVSYLKTHINNFALVAGRNDEWKWKANSNGVFTVKTAYRAIRKAAALNETGGKKFEFSLIWNTPAAHKAKTTAWRVLMGRMATIENLLKRNVIIPTQDISCVLCQEKTEDSNHLFFSCQKTTEVWYDLLLWIGKSAALHSSASNHLMGFCNIGHKKDILFLTGIWICTVWCIWKKRNEVRFNHGEQRKIHWVSWEQICMPLAEGGLGIRLFSEVVRVFSFKFWWRFQAKESLWAK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器