Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003033`

染色体: Chr02 坐标: 51033355-51037290 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003033`
名称	SmilChr02G003033
描述	uncharacterized SmilChr02G003033
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	51033355 - 51037290 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009689`
GeneID	`131009689`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009689`
原始查询	`LOC131009689`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`AT5G51080` (AT5G51080) RNase H family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835181] identity=30.8; qcov=0.077; evalue=3.34e-07; confidence=weak
Rice	`Os08g0202300` - identity=28.2; qcov=0.23; evalue=1.25e-35; confidence=weak
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity); GO:0015074 (DNA integration)
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF00665 (rve); PF13456 (RVT_3); PF17917 (RT_RNaseH); PF17919 (RT_RNaseH_2); PF17921 (Integrase_H2C2); PF31073 (DUF8803)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009689

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057793083.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057793083.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057793083.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057793083.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057793083.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:51033378`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A21,A5,B113,B50
`Chr2:51033403`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B30
`Chr2:51033403`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B30
`Chr2:51033418`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C42
`Chr2:51033420`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B71
`Chr2:51033432`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A18,A5,B62,B71
`Chr2:51033435`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B71
`Chr2:51033441`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B71
`Chr2:51033467`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C83
`Chr2:51033479`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B49,B60,B79
`Chr2:51033483`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A18,B62
`Chr2:51033494`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793083.1

1187 aa

594

1187

RVT_1

RT_RNaseH_2

RT_RNaseH

RVT_3

Integrase_H2C2

rve

DUF8803

PF00078 RVT_1 313-424 aa PF17919 RT_RNaseH_2 487-585 aa PF17917 RT_RNaseH 516-614 aa PF13456 RVT_3 650-768 aa PF17921 Integrase_H2C2 859-888 aa PF00665 rve 905-1002 aa PF31073 DUF8803 1126-1186 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057793083.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	313	424	3.1e-20	73.6	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057793083.1`	Pfam	`PF17919`	RT_RNaseH_2	Domain	487	585	4.1e-18	66.0	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057793083.1`	Pfam	`PF17917`	RT_RNaseH	Domain	516	614	3.1e-14	53.7	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057793083.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	650	768	3e-15	56.9	Reverse transcriptase-like
`XP_057793083.1`	Pfam	`PF17921`	Integrase_H2C2	Domain	859	888	3.4e-08	34.2	Integrase zinc binding domain
`XP_057793083.1`	Pfam	`PF00665`	rve	Domain	905	1002	6.4e-19	68.8	Integrase core domain
`XP_057793083.1`	Pfam	`PF31073`	DUF8803	Domain	1126	1186	4.4e-23	81.6	Domain of unknown function (DUF8803)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937100.1
ATGATTTGTGGAGAGAATGGAACGCCCACATCAAATAGGGCTAAGAAACAAGTGGTCAGAGCAGTGAAGTCAGGATACTACCATAAGCAGGTTATGGAGATTACAAGTGCGGCAGAGGAGCCGGCAATCACCTTTGGGACAGAGGATCTACGTACATTGATGTATCCACACGACGATGCGCTGGTGATCATGGCAGATATTGCCGGCTGCATTGTTCACCGTATCTTTGTAGACTCGGGTAGTGCCGTGAATATCCTGTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009689
ATGATTTGTGGAGAGAATGGAACGCCCACATCAAATAGGGCTAAGAAACAAGTGGTCAGAGCAGTGAAGTCAGGATACTACCATAAGCAGGTTATGGAGATTACAAGTGCGGCAGAGGAGCCGGCAATCACCTTTGGGACAGAGGATCTACGTACATTGATGTATCCACACGACGATGCGCTGGTGATCATGGCAGATATTGCCGGCTGCATTGTTCACCGTATCTTTGTAGACTCGGGTAGTGCCGTGAATATCCTGTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057793083.1
MICGENGTPTSNRAKKQVVRAVKSGYYHKQVMEITSAAEEPAITFGTEDLRTLMYPHDDALVIMADIAGCIVHRIFVDSGSAVNILYKECLQNMGIEVHIEPTNAPLFGFGGEMVMPLGYVELPLNLGIATANSKTRMVRFLVVDMPKPSYNVILGRPALMAFRAKRERVTEGSDTRKKGKVGEVNASAEERQELADILKDRDSTEKTALVSTSDVCNMIELFPGKEGFQTKIGSSMSDQVRDELINCLRRNADVFAFST...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器