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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003164

染色体: Chr02 坐标: 52675067-52678212 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003164
名称SmilChr02G003164
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向52675067 - 52678212 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009727
GeneID131009727
locus_tag-
NCBI NameLOC131009727
原始查询LOC131009727

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
产物probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
ArabidopsisAT3G47570 (AT3G47570)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823911]
identity=41.5; qcov=1.01; evalue=0; confidence=medium
RiceOs01g0523100 (P0516D04.31)
-
identity=41.8; qcov=1.03; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0033612 (receptor serine/threonine kinase binding)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009727

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057793117.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057793117.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793117.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793117.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057793117.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:52675108 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A16,B118,B70,C20
Chr2:52675227 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B109,B123,C3,C4
Chr2:52675342 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B47,C46,C50
Chr2:52675519 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B55,C2,C47
Chr2:52675706 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:52675714 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr2:52675716 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,B46
Chr2:52675728 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr2:52675737 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr2:52675893 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C33
Chr2:52676110 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,B72
Chr2:52676112 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,B72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793117.1
984 aa
N
1
492
984
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 29-65 aa PF00560 LRR_1 96-117 aa PF00560 LRR_1 119-141 aa PF23598 LRR_14 137-318 aa PF00560 LRR_1 167-189 aa PF00560 LRR_1 264-285 aa PF23598 LRR_14 322-469 aa PF00560 LRR_1 339-360 aa PF00560 LRR_1 363-385 aa PF00560 LRR_1 411-433 aa PF13855 LRR_8 411-470 aa PF00560 LRR_1 459-481 aa PF00560 LRR_1 533-554 aa PF13855 LRR_8 549-590 aa PF00560 LRR_1 557-576 aa PF00069 Pkinase 698-865 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 700-961 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793117.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 29 65 2.1e-12 47.8 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057793117.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 96 117 7.1e-40 127.1 Leucine Rich Repeat
XP_057793117.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 119 141 7.1e-40 127.1 Leucine Rich Repeat
XP_057793117.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 137 318 2.3e-31 109.5 Leucine-rich repeat region
XP_057793117.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 167 189 7.1e-40 127.1 Leucine Rich Repeat
XP_057793117.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 264 285 7.1e-40 127.1 Leucine Rich Repeat
XP_057793117.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 322 469 2.3e-31 109.5 Leucine-rich repeat region
XP_057793117.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 339 360 7.1e-40 127.1 Leucine Rich Repeat
XP_057793117.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 363 385 7.1e-40 127.1 Leucine Rich Repeat
XP_057793117.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 411 433 7.1e-40 127.1 Leucine Rich Repeat
XP_057793117.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 411 470 3.5e-30 104.3 Leucine rich repeat
XP_057793117.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 459 481 7.1e-40 127.1 Leucine Rich Repeat
XP_057793117.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 533 554 7.1e-40 127.1 Leucine Rich Repeat
XP_057793117.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 549 590 3.5e-30 104.3 Leucine rich repeat
XP_057793117.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 557 576 7.1e-40 127.1 Leucine Rich Repeat
XP_057793117.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 698 865 7e-25 88.6 Protein kinase domain
XP_057793117.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 700 961 2.4e-29 103.2 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937134.1
CTTCAATTGAAACATGCATGCAAACCCAAAAACACCATGGCAAAACCTTCCATCTCCATCCCTTTGATTTTAGTTTTACTACTACTCATGACCACCATTCCTCCTTCACACTCCACCAACCACACCGATCTCGAAGCTCTCCTCGCCTTCAAGAAATCCATACGCAACGATCCACTGAGCTCGTGGAACGAGACAACCCATTTCTGCAGGTGGAACGGCGTCGCATGCAGCAGAAAGCATCCAGACAGAGTCATCTCTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009727
ATGGCAAAACCTTCCATCTCCATCCCTTTGATTTTAGTTTTACTACTACTCATGACCACCATTCCTCCTTCACACTCCACCAACCACACCGATCTCGAAGCTCTCCTCGCCTTCAAGAAATCCATACGCAACGATCCACTGAGCTCGTGGAACGAGACAACCCATTTCTGCAGGTGGAACGGCGTCGCATGCAGCAGAAAGCATCCAGACAGAGTCATCTCTCTCTCTCTGCGCTCCCAAGGCCTCGAGGGATCTCTCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793117.1
MAKPSISIPLILVLLLLMTTIPPSHSTNHTDLEALLAFKKSIRNDPLSSWNETTHFCRWNGVACSRKHPDRVISLSLRSQGLEGSLSPHIGNLSFLRNIDLQNNRLFGPIPQEIGRLRRLQSLELGNNSFTGGIPTNLSHCRDLYLLDLIRNQLTGPIVPEIGSLLRLQQLVLSRNLFSGTVPPFIGNLTNLFQLSLTYCGLVGEIPESLVRLRRMRYLYLFANNLTGSIPRGLYNLSSMEEFAFGSNQLHGTIPSDIVF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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