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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003181`

染色体: Chr02 坐标: 52968742-52974121 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003181`
名称	SmilChr02G003181
描述	uncharacterized SmilChr02G003181
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	52968742 - 52974121 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009733`
GeneID	`131009733`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009733`
原始查询	`LOC131009733`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0597250; species=rice; confidence=high
产物	hit=Os06g0597250; species=rice; confidence=high
Arabidopsis	`AT2G13770` (AT2G13770) nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861] identity=49.1; qcov=0.655; evalue=5.39e-104; confidence=high
Rice	`Os06g0597250` - identity=46.9; qcov=0.722; evalue=1.85e-132; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04827 (Plant_tran); PF13359 (DDE_Tnp_4); PF28509 (DUF8418)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009733

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057793124.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057793124.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057793124.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057793124.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057793124.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:52968829`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B37
`Chr2:52968831`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	B14,C1,C51
`Chr2:52968831`	`T`	`TC`	1bp_insertion	CDS_variant	3	B14,C1,C51
`Chr2:52968835`	`C`	`CTG`	2bp_insertion	frameshift_variant	4	B58,B63,B87,C33
`Chr2:52968835`	`C`	`CTG`	2bp_insertion	CDS_variant	4	B58,B63,B87,C33
`Chr2:52968837`	`TCA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	4	B58,B63,B87,C33
`Chr2:52968837`	`TCA`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	4	B58,B63,B87,C33
`Chr2:52968905`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B75,C33,C4,C43
`Chr2:52968917`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B137,C53,C54,C9
`Chr2:52968928`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B17,B2,B88,C51,C7
`Chr2:52968955`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C47
`Chr2:52968964`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793124.1

594 aa

297

594

DUF8418

Plant_tran

DDE_Tnp_4

PF28509 DUF8418 79-116 aa PF04827 Plant_tran 185-386 aa PF13359 DDE_Tnp_4 214-377 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057793124.1`	Pfam	`PF28509`	DUF8418	Domain	79	116	1.3e-19	70.4	Domain of unknown function (DUF8418)
`XP_057793124.1`	Pfam	`PF04827`	Plant_tran	Family	185	386	4.8e-106	353.6	Plant transposon protein
`XP_057793124.1`	Pfam	`PF13359`	DDE_Tnp_4	Domain	214	377	4.2e-12	46.7	DDE superfamily endonuclease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937141.1
CTATCTTCTCAATTTTACTCATCACGAAGCAAAAATAAGATATGAATTATCATGCTGCTGGCTCTTCTTATATATTTTCTTCTTCAAGCTCATCATCAGATGAGCTTGAAGAAATACTCAATGAATGTGATGTTGAACATCAATTGATGTCTCAACATATTTTGTCAAATAATTTCATTGTAGCAAGCCTTATTGAAAATCAAAGTGCTACAACAATCCACAGAGGCTCAGTTCCTGGTCGCAGGATGATCCATCGTGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009733
ATGAATTATCATGCTGCTGGCTCTTCTTATATATTTTCTTCTTCAAGCTCATCATCAGATGAGCTTGAAGAAATACTCAATGAATGTGATGTTGAACATCAATTGATGTCTCAACATATTTTGTCAAATAATTTCATTGTAGCAAGCCTTATTGAAAATCAAAGTGCTACAACAATCCACAGAGGCTCAGTTCCTGGTCGCAGGATGATCCATCGTGATCGAGAAGTGGCTGCCCAACGTCTGTTCAACGATTATTTTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057793124.1
MNYHAAGSSYIFSSSSSSSDELEEILNECDVEHQLMSQHILSNNFIVASLIENQSATTIHRGSVPGRRMIHRDREVAAQRLFNDYFSENPTFNEGMFRRRFRMSRNLFLRIVDAVKNHNSYFRQGRDCTGRLGLSTLQKITAAFRILAYGVPADATDEYINIGESTAIKCVKKFCRAIVEIFSSQYLRSPTSSDVARLLYIGQQRGFPGMLGSLDCMHWKWKNCPTAWAGSYAGRSGSPTIILEIVADYDLWIWHSYFGM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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