当前解析结果
SmilChr02G003349| 统一新 Gene ID | SmilChr02G003349 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G003349 |
| 描述 | phytolongin Phyl1.1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 54687553 - 54688263 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131009755 |
|---|---|
| GeneID | 131009755 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131009755 |
| 原始查询 | LOC131009755 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | phytolongin Phyl1.1-like |
| 产物 | phytolongin Phyl1.1-like |
| Arabidopsis | AT4G10170 (AT4G10170)SNARE-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826608] identity=42.3; qcov=1.07; evalue=1.51e-55; confidence=medium |
| Rice | Os08g0110300- identity=31.8; qcov=1.04; evalue=1.16e-28; confidence=low |
| GO | GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131009755 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057793147.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057793147.1 |
| 3 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.20000 | XP_057793147.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057793147.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057793147.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:54687568 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D7 |
Chr2:54687654 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A9,C75,D1 |
Chr2:54687797 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C30 |
Chr2:54687937 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B101,B26 |
Chr2:54687947 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A22,B23,B71 |
Chr2:54688116 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B115,B133,C41,C45,C81 |
Chr2:54688201 |
GTC |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | D7 |
Chr2:54688201 |
GTC |
G |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | D7 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。