Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003379`

染色体: Chr02 坐标: 54914167-54917557 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003379`
名称	SmilChr02G003379
描述	uncharacterized SmilChr02G003379
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	54914167 - 54917557 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009757`
GeneID	`131009757`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009757`
原始查询	`LOC131009757`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF09331 (DUF1985); PF29561 (DUF8566)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009757

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057793149.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.80000	`XP_057793149.1`
3	Chromosome	染色体	0.20000	`XP_057793149.1`
4	Nuclear body	核内小体	0.20000	`XP_057793149.1`
5	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057793149.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:54914243`	`G`	`GCT`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B23
`Chr2:54914243`	`G`	`GCT`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B23
`Chr2:54914303`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C28
`Chr2:54914484`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B15,C37,D1,D8
`Chr2:54914504`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B15,C37
`Chr2:54914504`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B15,C37
`Chr2:54914525`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C63,D8
`Chr2:54914603`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B54,C39
`Chr2:54914605`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B15,B32,B46,B88,C10
`Chr2:54914623`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B16,C58
`Chr2:54914624`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A25,B12,B85
`Chr2:54914633`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B98,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793149.1

639 aa

320

639

DUF8566

DUF1985

PF29561 DUF8566 59-236 aa PF09331 DUF1985 81-215 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057793149.1`	Pfam	`PF29561`	DUF8566	Domain	59	236	5.7e-08	33.5	Domain of unknown function (DUF8566)
`XP_057793149.1`	Pfam	`PF09331`	DUF1985	Family	81	215	5.2e-12	46.7	Domain of unknown function (DUF1985)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937166.1
GTTACCCAAAAAAATCATGCATGTTACCAAGTGAATTTTGCAACAACCGATACATAAAGGTCAAAAATATCTTTCTAAAAAATTTGATTCTCTTTTGATAGACATAAAGCCGATACAATCGGCTTCAATCACATTTTTTTCGAAGCTTTTAACACCACTATATTTACCTTCCTTCACTAGGGTTTTTTACTCACCACACATATCGGCTTCTTCACTTTTTTTTACCCACCGAGAGAGTTCAAAATATTGAAGCACGTCGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009757
ATGGCATCTTCTTCACAGGCGAATGTCCCATATCTTCGTCGCGACACTATAGACCAGACGGAGGTTGCTATCAGCACCTACTATAGGGATTCACATTTTCCGGAGCTGGTTGAAACTTTAAATGTGGTCGGCGAACAGTGCAATTCAGATTTATTGGGAAGATTTAGAGCATCATGTTTTGGGCATTTCACTGATTGGAGGCCCGGCGCGAAGAGCAATAAAGCATTACACCAGATTGTATCGAGGCAGATTGTGTCAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057793149.1
MASSSQANVPYLRRDTIDQTEVAISTYYRDSHFPELVETLNVVGEQCNSDLLGRFRASCFGHFTDWRPGAKSNKALHQIVSRQIVSEENEMCFFLCGARVRFSPADYALVTGLNFGGSRFDATLQHDCSRVEAYRRFCGTRSMTIQSLIKRVCDLDRRVDDEDVSLYLRAVLVCVAHTLVLGLDARVQPWLWVLVDDLAAFDRFPWGAYSYKMLCHYTTDVGTGEKYHFYGPSWALYVWALERVPGFRHMVAASSGDPTA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器