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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003416

染色体: Chr02 坐标: 55401097-55402998 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003416
名称SmilChr02G003416
描述uncharacterized SmilChr02G003416
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向55401097 - 55402998 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009758
GeneID131009758
locus_tag-
NCBI NameLOC131009758
原始查询LOC131009758

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os02g0328500; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os02g0328500; species=rice; confidence=medium
ArabidopsisAT5G27260 (AT5G27260)
Myb/SANT-like DNA-binding domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832784]
identity=24.2; qcov=0.898; evalue=2.14e-07; confidence=weak
RiceOs02g0328500
-
identity=35.3; qcov=0.651; evalue=1.72e-27; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009758

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057793150.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793150.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793150.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057793150.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057793150.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:55401126 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:55401177 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:55401201 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:55401204 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B112,B57,B87
Chr2:55401276 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B94,D11
Chr2:55401289 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:55401290 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 32 A13,A5,B107,B110,B123,B133,B136,B137,B19,B3,B41,B5,B53,B60,B72,B86,B98,C13,C18,C21,C25,C29,C37,C42,C44,C46,C48,C53,C63,C70,C9,D10
Chr2:55401305 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B94,D11
Chr2:55401309 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B94,D11
Chr2:55401346 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A20
Chr2:55401350 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B94,D11
Chr2:55401386 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 10 A11,A7,B34,B38,B39,B95,C11,C12,C13,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937167.1
ATGAGGAAAGGGATCGCAGTCGCAGACTCGGCGAGCAATGACGCCGGCCGCGTAAAGCCCAATAAATCCGAAAAGACACGACGTTCATGGTCACTAAGGGAGGAGGAACAGTTGATTGCCGCATTGAAGGAAATAGTAGTTAATGGATGGAGATCAGATAATGGCTTTAGAGCGGGTTATCTTGCGAAACTTGAAGAAGCCATGAAGATTGCATTTCCAGGGACTGATCTCCAGGGTATCCCACATATTCACTCAAAAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009758
ATGAGGAAAGGGATCGCAGTCGCAGACTCGGCGAGCAATGACGCCGGCCGCGTAAAGCCCAATAAATCCGAAAAGACACGACGTTCATGGTCACTAAGGGAGGAGGAACAGTTGATTGCCGCATTGAAGGAAATAGTAGTTAATGGATGGAGATCAGATAATGGCTTTAGAGCGGGTTATCTTGCGAAACTTGAAGAAGCCATGAAGATTGCATTTCCAGGGACTGATCTCCAGGGTATCCCACATATTCACTCAAAAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793150.1
MRKGIAVADSASNDAGRVKPNKSEKTRRSWSLREEEQLIAALKEIVVNGWRSDNGFRAGYLAKLEEAMKIAFPGTDLQGIPHIHSKISMWKRNYYSLSLMLRDSGIGFNVDGKFMIDCTLEQWDDIVKRDPSARGMKKKSWPHLEEWKEIFGKDRATGTTAEDVTDAVDEMRNIVEDDENDGAYGDYVPVFTADTETEGPADSVCQPEKAERAPRVSGKKRKANDDDEKWFNLFK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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