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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003470

染色体: Chr02 坐标: 56011015-56015624 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003470
名称SmilChr02G003470
描述uncharacterized SmilChr02G003470
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向56011015 - 56015624 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009766
GeneID131009766
locus_tag-
NCBI NameLOC131009766
原始查询LOC131009766

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述DNA ligase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843852]; symbol=AT1G75150; hit=AT1G75150; species=arabidopsis; confidence=medium
产物DNA ligase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843852]; symbol=AT1G75150; hit=AT1G75150; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT1G75150 (AT1G75150)
DNA ligase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843852]
identity=36.3; qcov=0.76; evalue=4.08e-54; confidence=medium
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009766

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057793158.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793158.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793158.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057793158.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057793158.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:56011267 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr2:56011659 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B5,C2,C32,C68
Chr2:56011684 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr2:56011687 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 2 A18,C39
Chr2:56011687 A AT 1bp_insertion CDS_variant 2 A18,C39
Chr2:56011711 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B120,B77,B85
Chr2:56012319 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A7
Chr2:56012855 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr2:56012866 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A7
Chr2:56012897 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,C82
Chr2:56013052 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr2:56014190 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B28,B40,C16,C61,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937175.1
AGTGTGTGTGGATTGCTGATTATTTCCACCTTTAGGGGCGCCATTCAATTACACTAAAATAGAAGGGGCAAACGACAATTACATAAATCAATACTACTAAACAACTTGAATTTTTCCCGGCTAAAAATTCCAACCATTTGGCGCTTAAAACCCTACCTCCTCCAAATTATCTAATCTTTCCAGATCCCCATTCAATTCACATCTCAATTTCCTTTCGAATTTCAACCACAAACGGAAAATGGACAGCGACGACGATTATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009766
ATGGACAGCGACGACGATTATCAGTCGTTATCACCCCCAAAGGAGCTCTCGCCGCAAGTCCAATTTCGGCGGCTGAAGCGCTTGAAGAAATCCGACCAACCCCTAAAGGATCCGTTGTTTGACTTGACTGATGATCCTATTTTGTTTTCCCACGTCGATTTCGCCAAGCTGGAAGCATTAGAGAATGATTCGGAGCCACAATTTGTCGACGAATCAATTTCAACTGAAGATGCAAATTTATCTCCGGAGTCACTGCCTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793158.1
MDSDDDYQSLSPPKELSPQVQFRRLKRLKKSDQPLKDPLFDLTDDPILFSHVDFAKLEALENDSEPQFVDESISTEDANLSPESLPQGDGNQVGSEQVFNESDSTGEANLSQESLSQGVGNEIQNGNKMELGIDVEVKRTKRVLEFDDDVVGGSPMREDSENVDPEKKKEIIGAEDLLEEKEEKKKKKKKRIEKSDGGDELQSKSRGSNKRREELPPKTKRREEKERKEYLKELHAESQRLLRETGDASFKPIPVVHKPI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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