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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003540

染色体: Chr02 坐标: 56563782-56564552 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003540
名称SmilChr02G003540
描述uncharacterized SmilChr02G003540
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向56563782 - 56564552 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009779
GeneID131009779
locus_tag-
NCBI NameLOC131009779
原始查询LOC131009779

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述tRNA-methyltransferase non-catalytic subunit trm6MTase subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836776]; symbol=AT5G66440; hit=AT5G66440; species=arabidopsis; confidence=low
产物tRNA-methyltransferase non-catalytic subunit trm6MTase subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836776]; symbol=AT5G66440; hit=AT5G66440; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT5G66440 (AT5G66440)
tRNA-methyltransferase non-catalytic subunit trm6MTase subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836776]
identity=27.1; qcov=0.953; evalue=3.33e-15; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009779

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057793170.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057793170.1
3 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057793170.1
4 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057793170.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793170.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:56563794 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C35,C56,C76
Chr2:56563814 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B67
Chr2:56563946 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B100,B78,B92,C21
Chr2:56564372 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:56564525 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937187.1
ATGGAAATGGAACCGCAAATCTTCGATTTCGTCAAATTCGAGAAGGAAAAGGCTATCGCCACATTCAACAGAATCGCTAAGTTGCGCCAGTTCTTCGAGGTTCTGCTGGTTTTGGGGGCGATATCGTGGTCGTCGGCGCGCGCGCCGCCGCTCCTCAGAGCTGCCGCCGCCTACGCCGTCGACCTCTCGGCTTACCTCCTCAACCACCACATCGTTTTCCTCATCGGCAACGCCATCATTTTCTCGCTCTTCCTCCTCTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009779
ATGGAAATGGAACCGCAAATCTTCGATTTCGTCAAATTCGAGAAGGAAAAGGCTATCGCCACATTCAACAGAATCGCTAAGTTGCGCCAGTTCTTCGAGGTTCTGCTGGTTTTGGGGGCGATATCGTGGTCGTCGGCGCGCGCGCCGCCGCTCCTCAGAGCTGCCGCCGCCTACGCCGTCGACCTCTCGGCTTACCTCCTCAACCACCACATCGTTTTCCTCATCGGCAACGCCATCATTTTCTCGCTCTTCCTCCTCTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793170.1
MEMEPQIFDFVKFEKEKAIATFNRIAKLRQFFEVLLVLGAISWSSARAPPLLRAAAAYAVDLSAYLLNHHIVFLIGNAIIFSLFLLCRRQSDAASTPPGDDLYDEYVKHSDAAAEADRREPADPPPPSSPTKGGAEVIDEEEKQIVVCAEANPNPQCDDMAAAIDNARRQIKRFERTQSEKLKREIRATLRRSETQTRRNSVSCGGERFDAAEIERLSSEEFRRTIDAFIDENWSTKKTANSRFDEYQKYQLLQMA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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