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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003736

染色体: Chr02 坐标: 59005986-59006474 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003736
名称SmilChr02G003736
描述uncharacterized SmilChr02G003736
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向59005986 - 59006474 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009808
GeneID131009808
locus_tag-
NCBI NameLOC131009808
原始查询LOC131009808

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Uncharacterized conserved protein UCP031279 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842211]; symbol=AT1G58420; hit=AT1G58420; species=arabidopsis; confidence=low
产物Uncharacterized conserved protein UCP031279 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842211]; symbol=AT1G58420; hit=AT1G58420; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT1G58420 (AT1G58420)
Uncharacterized conserved protein UCP031279 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842211]
identity=30.8; qcov=1.12; evalue=3.9e-14; confidence=low
RiceOs05g0512100
-
identity=33.5; qcov=1.03; evalue=2.16e-08; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF27755 (UCP031279)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009808

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057793199.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057793199.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057793199.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057793199.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793199.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:59006195 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr2:59006326 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr2:59006383 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 24 A21,B107,B113,B130,B134,B138,B139,B140,B15,B35,B42,B44,B53,B66,B76,B86,C11,C15,C20,C30,C43,C57,C73,D8
Chr2:59006455 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B138

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793199.1
162 aa
N
1
81
162
UCP031279
C
PF27755 UCP031279 11-153 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793199.1 Pfam PF27755 UCP031279 Family 11 153 3.8e-38 131.6 Uncharacterised conserved protein UCP031279

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937216.1
ATGAAATCGAAAGCGAGCCAGCAGAACCGGTTCCTGAGGATCATCACGGTTCCGGTTCGGGCCCTGAGCAAGGCCCGGGATTTCTACGTGAGGAGCCTGTCGGATTACGCGGACAGGATGAACTACGGGAACGCGATGGCGATCCCGGTGACCGCGCAGGTGACGGCCCTGCCGAGGAGCTTCAGCGTCAGCTCGGCCCGCTCCCAAGTGGAGCAGGATCTAGTTCGGGCCTCGTCGACCCGGAGCATGGGGGATCGGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009808
ATGAAATCGAAAGCGAGCCAGCAGAACCGGTTCCTGAGGATCATCACGGTTCCGGTTCGGGCCCTGAGCAAGGCCCGGGATTTCTACGTGAGGAGCCTGTCGGATTACGCGGACAGGATGAACTACGGGAACGCGATGGCGATCCCGGTGACCGCGCAGGTGACGGCCCTGCCGAGGAGCTTCAGCGTCAGCTCGGCCCGCTCCCAAGTGGAGCAGGATCTAGTTCGGGCCTCGTCGACCCGGAGCATGGGGGATCGGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793199.1
MKSKASQQNRFLRIITVPVRALSKARDFYVRSLSDYADRMNYGNAMAIPVTAQVTALPRSFSVSSARSQVEQDLVRASSTRSMGDRAELESYIKEQMKMRVVGLSPQPQPQGMPPRSTSVAMGRIDEDKPCCYFGEDNTAFLTTKIPRSRSHAVSARRLPAF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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