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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003754

染色体: Chr02 坐标: 59173904-59174722 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003754
名称SmilChr02G003754
描述uncharacterized SmilChr02G003754
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向59173904 - 59174722 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009811
GeneID131009811
locus_tag-
NCBI NameLOC131009811
原始查询LOC131009811

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os11g0303800; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os11g0303800; species=rice; confidence=weak
ArabidopsisAT5G41220 (GSTT3)
glutathione S-transferase THETA 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834124]
identity=26.2; qcov=0.463; evalue=6.61e-12; confidence=low
RiceOs11g0303800
-
identity=23.3; qcov=1.01; evalue=6.81e-16; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009811

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057793201.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793201.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793201.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057793201.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057793201.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:59173934 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 A15,B14,C84
Chr2:59173934 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A15,B14,C84
Chr2:59173941 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,B127,B40
Chr2:59173944 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A15,B50,B84
Chr2:59173948 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B108,B50,C23,C57
Chr2:59173951 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B140
Chr2:59173966 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B140
Chr2:59173971 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B137,B6,C21
Chr2:59173974 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C29
Chr2:59173986 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C42,C86
Chr2:59174000 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B47
Chr2:59174012 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B35,B48,B64,D8,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937218.1
ATGGATCGTGAATTCGATGAATACCTCGAGCAACAAGGCGGATCGAGGCTTTCAATGATGGGGTTTGCTCCATTTTCACAAGCCTCCAATGTCTTGGCTACGGGAAATGTTCCCACGCCGGCGGCGAACGCCAACGTCCAAGAAGAGCCGGAGGAGGTGAAGCCGAAAGCCAAGGGCACCCGCACTGCATATTCTAGCGAGGAGTCCGAGCTCATGGCAATCTTGTGGGCGGAGGCAACCCACAATCCTATTTTGGGGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009811
ATGGATCGTGAATTCGATGAATACCTCGAGCAACAAGGCGGATCGAGGCTTTCAATGATGGGGTTTGCTCCATTTTCACAAGCCTCCAATGTCTTGGCTACGGGAAATGTTCCCACGCCGGCGGCGAACGCCAACGTCCAAGAAGAGCCGGAGGAGGTGAAGCCGAAAGCCAAGGGCACCCGCACTGCATATTCTAGCGAGGAGTCCGAGCTCATGGCAATCTTGTGGGCGGAGGCAACCCACAATCCTATTTTGGGGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793201.1
MDREFDEYLEQQGGSRLSMMGFAPFSQASNVLATGNVPTPAANANVQEEPEEVKPKAKGTRTAYSSEESELMAILWAEATHNPILGTSQKLLQYWGAIAEKFNALNTSGAPPRKPDHLKSHFARVQKETKFFEGFYNTCKDNWGSGMSDYQIFQQAQTMFEANFKKQFSYVKAWKVLRECQRFTSQAGDVHSTKKSKGSDGGATTTFSEPSVTTRPQGQKAAKRDKGKAKKGEGSSGGGSTFSDALEKVAESMREHALKT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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