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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003800

染色体: Chr02 坐标: 59631682-59632215 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003800
名称SmilChr02G003800
描述uncharacterized SmilChr02G003800
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向59631682 - 59632215 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009818
GeneID131009818
locus_tag-
NCBI NameLOC131009818
原始查询LOC131009818

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009818

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057793208.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057793208.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793208.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793208.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057793208.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:59631705 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 2 B101,B56
Chr2:59631705 G GC 1bp_insertion CDS_variant 2 B101,B56
Chr2:59631727 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,B131,B36
Chr2:59631889 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B53,C56
Chr2:59631905 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B53,C56
Chr2:59631992 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B113,B84
Chr2:59632006 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B106
Chr2:59632043 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 21 A18,A19,A2,B114,B123,B132,B136,B140,B22,B26,B39,B52,B56,B90,B91,C2,C23,C40,C56,C7,D9
Chr2:59632046 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B127,B140
Chr2:59632048 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr2:59632068 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 A14,C62
Chr2:59632068 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A14,C62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937225.1
ATGGTTGTGATCTTGTCTTGTGGTTATGGAGGTGTTGAAGCTGCCATGGAGGGGAGGTTTTCGCCTTCCGTCGCCGGGAAAGGGGTACAAATCTCTGAAAATGCTGGTGTTGATGTGGGCTTGACGGCTGGTGGATATGATAAAGGTCGAGGTTTTGGGCCTGGAAGGGGTTGGGGTGGTGGCCATGGCGGCGGAGGCGGGTTTGGCGGCGGCTCTGGTGGTGGGGGTGGGTTTGGCGGTGGAGGTTTTGGTAATGGCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009818
ATGGTTGTGATCTTGTCTTGTGGTTATGGAGGTGTTGAAGCTGCCATGGAGGGGAGGTTTTCGCCTTCCGTCGCCGGGAAAGGGGTACAAATCTCTGAAAATGCTGGTGTTGATGTGGGCTTGACGGCTGGTGGATATGATAAAGGTCGAGGTTTTGGGCCTGGAAGGGGTTGGGGTGGTGGCCATGGCGGCGGAGGCGGGTTTGGCGGCGGCTCTGGTGGTGGGGGTGGGTTTGGCGGTGGAGGTTTTGGTAATGGCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793208.1
MVVILSCGYGGVEAAMEGRFSPSVAGKGVQISENAGVDVGLTAGGYDKGRGFGPGRGWGGGHGGGGGFGGGSGGGGGFGGGGFGNGGGGGSGGGNGGSGYDFGGGSGGGWGSGGGGGSGMGQGGAGYGSGGGYGGGGGSGSGMGGYGGGDGGGDGDNGGGGGGYGGYGRGPGVGKKF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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