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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003823

染色体: Chr02 坐标: 59887890-59889453 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003823
名称SmilChr02G003823
描述transcription factor TGA4-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向59887890 - 59889453 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009823
GeneID131009823
locus_tag-
NCBI NameLOC131009823
原始查询LOC131009823

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcription factor TGA4-like
产物transcription factor TGA4-like
ArabidopsisAT5G10030 (TGA4)
TGACG motif-binding factor 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830866]
identity=63.5; qcov=0.98; evalue=3.36e-33; confidence=medium
RiceOs04g0637000 (OsTGAP1)
-
identity=57.6; qcov=1.01; evalue=3.61e-27; confidence=medium
GOGO:0006351 (DNA-templated transcription); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009823

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057793212.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057793212.1
3 Secreted 分泌到胞外 0.20000 XP_057793212.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057793212.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793212.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:59889092 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,C27
Chr2:59889107 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B112,B5,C1
Chr2:59889182 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A10,B120
Chr2:59889221 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B18,B76,C23
Chr2:59889228 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr2:59889230 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A25,B123,B62
Chr2:59889257 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,B17,B41
Chr2:59889259 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B74,C11,C69
Chr2:59889268 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B109,B54,C19,C39
Chr2:59889291 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B122,C50,C64,C66,C87
Chr2:59889292 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,B84
Chr2:59889379 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937229.1
CAAACACATCTCTCTCTCCTTACGCTGAGAGCTCCTCATCTCTCTCGATATGTTTCCGGCGAGGAATCCGGCGCCGCAGCCGTCGACCATCTCTTTCATCTGAATCGTGCCCTAGCTCTTCCTCAAATCCTCTGGAAAAGGCGAAGATGAAAAGCCCCAATTTTTCTCCTTCATCTGAATCGTGCCCTAGCTCTTCCTCTGCCCAAATCGTCGCCGCCCTGCTACAACTTCCGGCGGCATCGCCGCCCTACGCGGCTCTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009823
ATGCCTCAGCTGCAGCCACTCACCGACCAGCAAACCGCCGATGTTGATAACTTGAAGCACTCGTGTATGCAGGCTAAGGACGCCCTGTCGCAAGGGATGGAGAAGCTCCAGCAGACCCTCGCGCAGAGCGTCACCTTCCTGCCTCCGGGAGCAGGAAACTACTGCTCCCAGACCGCCTTTGCCCTCGAGAACTTGGAGTCTCTCGAGAGCTTCATAAACCAGGCGGATCATCTGCGACAGCAAACTCTACAGCACATGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793212.1
MPQLQPLTDQQTADVDNLKHSCMQAKDALSQGMEKLQQTLAQSVTFLPPGAGNYCSQTAFALENLESLESFINQADHLRQQTLQHMSCILTTRQAATL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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