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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003837

染色体: Chr02 坐标: 60064419-60064913 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003837
名称SmilChr02G003837
描述uncharacterized SmilChr02G003837
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向60064419 - 60064913 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009824
GeneID131009824
locus_tag-
NCBI NameLOC131009824
原始查询LOC131009824

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0205337; species=rice; confidence=low
产物hit=Os06g0205337; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT1G43760 (AT1G43760)
DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968]
identity=27.2; qcov=1.05; evalue=5.51e-07; confidence=low
RiceOs06g0205337
-
identity=31.1; qcov=0.982; evalue=8.11e-20; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009824

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057793213.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057793213.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057793213.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793213.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793213.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:60064446 G GAA 2bp_insertion frameshift_variant 30 A2,A24,A7,A9,B108,B121,B122,B125,B18,B2,B21,B25,B37,B52,B66,B69,B7,B71,B82,B93,B98,B99,C18,C39,C62,C72,C80,D5,D7,D8
Chr2:60064494 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr2:60064496 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 39 A14,A20,A3,A5,B103,B105,B123,B130,B134,B135,B136,B137,B138,B24,B25,B3,B34,B49,B53,B58,B65,B69,B71,B74,B79,B83,B97,C28,C30,C34,C43,C45,C57,C58,C59,C63,C7,C9,D6
Chr2:60064538 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A7
Chr2:60064565 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 A7
Chr2:60064565 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A7
Chr2:60064570 GAA G 2bp_deletion frameshift_variant 5 B122,B26,C49,C64,C66
Chr2:60064570 GAA G 2bp_deletion CDS_variant 5 B122,B26,C49,C64,C66
Chr2:60064654 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B91,C87,D2
Chr2:60064678 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B133,C25,C81
Chr2:60064719 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr2:60064726 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 118 A1,A13,A18,A21,A24,A3,A4,A6,B10,B100,B102,B103,B105,B106,B107,B108,B109,B110,B111,B117,B119,B12,B120,B123,B127,B128,B13,B131,B133,B137,B14,B16,B19,B24,B26,B28,B29,B3,B30,B33,B42,B43,B47,B5,B50,B51,B59,B6,B60,B64,B66,B68,B72,B73,B74,B75,B76,B77,B78,B8,B80,B81,B84,B85,B86,B87,B91,B94,B95,B99,C10,C14,C15,C17,C21,C23,C24,C27,C28,C29,C3,C30,C32,C37,C38,C41,C44,C46,C47,C48,C49,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C6,C60,C61,C62,C65,C67,C68,C70,C71,C72,C73,C75,C79,C83,C87,D1,D10,D2,D5,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937230.1
ATGGATACCTCGAATTGGAAGAGTCTTTTTCCCAGAGCTACTCTCACTTCACTCCCGGTCCCTATGTCGGATCATGTCCCCTTGCTCAAATGTGTGAACGTGGTGAATTCGCTGCCTCATCGTAGGTTCCGTTTTGAGAATAGCTGGTGTTTGGAGCCGGAACTTCCTAAGGTGGTTCGCGAGTACTGGACGAACCTCCATGGTATTAGCATCACGGAGATACTCATGGCAATTTCGGATTCTCTGTCTATTTGGGCTCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009824
ATGGATACCTCGAATTGGAAGAGTCTTTTTCCCAGAGCTACTCTCACTTCACTCCCGGTCCCTATGTCGGATCATGTCCCCTTGCTCAAATGTGTGAACGTGGTGAATTCGCTGCCTCATCGTAGGTTCCGTTTTGAGAATAGCTGGTGTTTGGAGCCGGAACTTCCTAAGGTGGTTCGCGAGTACTGGACGAACCTCCATGGTATTAGCATCACGGAGATACTCATGGCAATTTCGGATTCTCTGTCTATTTGGGCTCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793213.1
MDTSNWKSLFPRATLTSLPVPMSDHVPLLKCVNVVNSLPHRRFRFENSWCLEPELPKVVREYWTNLHGISITEILMAISDSLSIWARYLRKNKVRDKASLQTLISSLQGCRDVVSVRRLKAACGELAHIFLREETYWKQQAKQHWLKDGDTNTRFFHAMALARR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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