Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003367`

染色体: Chr01 坐标: 52403207-52407771 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003367`
名称	SmilChr01G003367
描述	uncharacterized SmilChr01G003367
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	52403207 - 52407771 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009831`
GeneID	`131009831`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009831`
原始查询	`LOC131009831`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os01g0650800; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os01g0650800; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os01g0650800` - identity=42.5; qcov=0.415; evalue=6.63e-83; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF02992 (Transposase_21); PF13952 (DUF4216); PF13963 (Transpos_assoc)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009831

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057793220.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057793220.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057793220.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057793220.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057793220.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:52403248`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B17,B66,B83,C47
`Chr1:52403349`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B111,B60
`Chr1:52403351`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C2
`Chr1:52403472`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A2,C52
`Chr1:52403515`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A24,B82,C9
`Chr1:52403544`	`T`	`TCA`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B69
`Chr1:52403544`	`T`	`TCA`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B69
`Chr1:52403582`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B103,C14,C31,C46
`Chr1:52403604`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A24,C41
`Chr1:52403608`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	5	A11,B47,B87,C46,C50
`Chr1:52403608`	`T`	`TC`	1bp_insertion	CDS_variant	5	A11,B47,B87,C46,C50
`Chr1:52403615`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C9,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793220.1

784 aa

392

784

Transpos_assoc

Transposase_21

DUF4216

PF13963 Transpos_assoc 11-90 aa PF02992 Transposase_21 297-506 aa PF13952 DUF4216 628-702 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057793220.1`	Pfam	`PF13963`	Transpos_assoc	Domain	11	90	5.8e-21	75.2	Transposase-associated domain
`XP_057793220.1`	Pfam	`PF02992`	Transposase_21	Family	297	506	6.7e-83	277.8	Transposase family tnp2
`XP_057793220.1`	Pfam	`PF13952`	DUF4216	Domain	628	702	5.8e-20	72.3	Domain of unknown function (DUF4216)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937237.1
TCCGTTGCTAAATAGAAACGGAATTTTCCGTTTCTATTCCGTTGCTAATAATTATTTTAAATAACCGAAAATATTTATTTTAAACATAACAACGGAATTCACGTCCGTTGCTAAATAGCAACGGAAGTTTCCGTTGCTATTCCGTTGCTAATAATTAATTCAAATAACCGAAAATATTTATTTTAAAAATAACAACGGAATTCAAGTCCGTTGCTAAATAGCAACGGAATTCACGTCCGTTGCTAAATAGTAACGGAATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009831
ATGAACCAAATTGTAGAAATGAGTGAAAATCGTGAGTGGATGTATCGGCGTTTTCTATCTGATGGAGCTTTGAATCCCGATTTTCAAAGAGGTCTTCAAGGTTTCATTGATTACGCTAACAGTAGACGTGATTTAATGGATGGTGAAAAAATTAGGTGTCCGTGTAGGAAATGCGATAATATACGTTTCCATACTAAAAATAATGTTCAGTATCACATTGCAAAGAACGGATTTGTGCGGGATTACCATATTTGGAGGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057793220.1
MNQIVEMSENREWMYRRFLSDGALNPDFQRGLQGFIDYANSRRDLMDGEKIRCPCRKCDNIRFHTKNNVQYHIAKNGFVRDYHIWRFHGEIEMVTTEYHNFEEEEANEDNYQNMVMDIAASQYNIQNIEEPPNPEAQLLYNMLKAADKELWPGCKTHSQLSLVARVMSLKAEGNMSERCFDQWLELIKEILPDNNLAPTNFYDTKKLLSGMGLPAQRIDCCPNNCMLYWEDDRDLVQCKYCGESRYKNNNRDSRSSGKTL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器