当前解析结果
SmilChr02G004269| 统一新 Gene ID | SmilChr02G004269 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G004269 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G004269 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 64905743 - 64906492 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131009891 |
|---|---|
| GeneID | 131009891 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131009891 |
| 原始查询 | LOC131009891 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | AT4G35690; symbol=AT4G35690; hit=AT4G35690; species=arabidopsis; confidence=low |
| 产物 | AT4G35690; symbol=AT4G35690; hit=AT4G35690; species=arabidopsis; confidence=low |
| Arabidopsis | AT4G35690 (AT4G35690)- identity=32.5; qcov=1.15; evalue=2.31e-31; confidence=low |
| Rice | Os08g0553000- identity=30.4; qcov=1.06; evalue=1.81e-19; confidence=low |
| GO | GO:0048364 (root development); GO:0048367 (shoot system development) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03087 (BPS1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131009891 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057793277.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057793277.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057793277.1 |
| 4 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.20000 | XP_057793277.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057793277.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:64905828 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B65 |
Chr2:64905859 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B65 |
Chr2:64905872 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B82 |
Chr2:64905935 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A13,B23,B49,B52,C39 |
Chr2:64906004 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B1 |
Chr2:64906144 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B10 |
Chr2:64906157 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C79 |
Chr2:64906157 |
GA |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C79 |
Chr2:64906328 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B41,B63 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057793277.1PF03087
BPS1 50-244 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057793277.1 |
Pfam | PF03087 |
BPS1 | Family | 50 | 244 | 7.7e-43 | 147.7 | Protein BPS1 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。