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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004289

染色体: Chr02 坐标: 65215359-65215745 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004289
名称SmilChr02G004289
描述uncharacterized SmilChr02G004289
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向65215359 - 65215745 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009893
GeneID131009893
locus_tag-
NCBI NameLOC131009893
原始查询LOC131009893

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os01g0872900; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os01g0872900; species=rice; confidence=medium
ArabidopsisAT2G13770 (AT2G13770)
nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861]
identity=46.1; qcov=0.797; evalue=1.53e-19; confidence=low
RiceOs01g0872900
-
identity=56; qcov=0.906; evalue=3.15e-36; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009893

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057793278.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057793278.1
3 Secreted 分泌到胞外 0.20000 XP_057793278.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793278.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793278.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:65215364 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 27 A19,A4,A7,B10,B105,B111,B118,B121,B13,B134,B136,B138,B29,B33,B34,B45,B63,B75,B8,B83,B85,B87,C48,C53,C56,C7,C80
Chr2:65215368 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr2:65215421 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B7
Chr2:65215469 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 14 B106,B119,B73,B78,C17,C36,C38,C46,C50,C63,C64,C66,C72,C82
Chr2:65215479 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,B2,C12,C74
Chr2:65215503 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr2:65215517 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 7 B108,B50,B78,C23,C82,D10,D11
Chr2:65215540 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B32,C19,C36,D10
Chr2:65215561 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B32,C19,C36,D10
Chr2:65215562 AAT A 2bp_deletion frameshift_variant 7 B10,B63,B75,B8,B83,C56,C7
Chr2:65215581 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr2:65215592 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937295.1
ATGCGGCATGCATTGTTTTTGCGCATCGTCAACGCCATGCAGTTCGATCCGTACTTCCAACAACGCACGGATGCACTTGGCAGACTCGACTTCACACCGTTGCAGAAATGCACTTTTGCTATTCTTCAAGTAGCAAATGGAGGTGCAGCTGACCAGTACGACGAGTATCTACAGATTGTGGATTCTACCTCGTTGGAGTGCTTCCGCAGATTTTATCGAGTCATCAACCAACTTTTCGGCGCGGAATACTTGAGGAGGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009893
ATGCGGCATGCATTGTTTTTGCGCATCGTCAACGCCATGCAGTTCGATCCGTACTTCCAACAACGCACGGATGCACTTGGCAGACTCGACTTCACACCGTTGCAGAAATGCACTTTTGCTATTCTTCAAGTAGCAAATGGAGGTGCAGCTGACCAGTACGACGAGTATCTACAGATTGTGGATTCTACCTCGTTGGAGTGCTTCCGCAGATTTTATCGAGTCATCAACCAACTTTTCGGCGCGGAATACTTGAGGAGGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793278.1
MRHALFLRIVNAMQFDPYFQQRTDALGRLDFTPLQKCTFAILQVANGGAADQYDEYLQIVDSTSLECFRRFYRVINQLFGAEYLRRPTSADCQRLLALHEEKHGFSGILGSLDYMPRLNFIFNENLEF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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