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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004454

染色体: Chr02 坐标: 66937617-66938057 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004454
名称SmilChr02G004454
描述wall-associated receptor kinase-like 10
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向66937617 - 66938057 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009906
GeneID131009906
locus_tag-
NCBI NameLOC131009906
原始查询LOC131009906

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述wall-associated receptor kinase-like 10
产物wall-associated receptor kinase-like 10
ArabidopsisAT1G16260 (AT1G16260)
Wall-associated kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838195]
identity=28; qcov=0.808; evalue=4.28e-14; confidence=low
RiceOs04g0220300 (OsWAK30)
-
identity=44; qcov=0.575; evalue=5.53e-17; confidence=low
GOGO:0030247 (polysaccharide binding)
KEGG-
PfamPF13947 (GUB_WAK_bind)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009906

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057793290.1
2 Secreted 分泌到胞外 0.40000 XP_057793290.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057793290.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793290.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793290.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:66937618 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 70 A10,A11,A15,A19,A3,A6,B100,B104,B114,B115,B120,B121,B124,B128,B129,B13,B135,B136,B137,B138,B19,B27,B33,B35,B40,B41,B5,B51,B55,B6,B60,B62,B63,B69,B72,B75,B77,B84,B86,B90,B92,B93,B94,B99,C2,C21,C28,C33,C38,C39,C45,C52,C63,C67,C70,C71,C73,C74,C75,C77,C80,C81,C82,C83,C87,D1,D11,D2,D3,D4
Chr2:66937620 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 5 A20,B106,B115,B36,B56
Chr2:66937620 GC G 1bp_deletion CDS_variant 5 A20,B106,B115,B36,B56
Chr2:66937636 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,B106,B115,B36
Chr2:66937637 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,B106,B115,B36
Chr2:66937666 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B135,B51,B94,D11
Chr2:66937688 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 2 B30,B47
Chr2:66937688 TA T 1bp_deletion CDS_variant 2 B30,B47
Chr2:66937730 ATG A 2bp_deletion frameshift_variant 4 A20,B119,B36,C8
Chr2:66937730 ATG A 2bp_deletion CDS_variant 4 A20,B119,B36,C8
Chr2:66937738 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,B119,B36,B96,C8
Chr2:66937800 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,B103,B127,B54

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793290.1
146 aa
N
1
73
146
GUB_WAK_bind
C
PF13947 GUB_WAK_bind 20-81 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793290.1 Pfam PF13947 GUB_WAK_bind Domain 20 81 4.6e-11 43.6 Wall-associated receptor kinase galacturonan-binding

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937307.1
ATGAGTTGTCTTCTGCACTTCATCTTCTTCCTTCTTCTTCCACTAGCATCAACCGGTTGCCCTAACCGGTGTGGAAACGTACTGATTCCATATCCATTTGGAGTCGGGTCGGGTTGCTTTCTGGAGGCATCCTTTAACGTCACTTGCAACACTTCTACCACACCTCCCAAACCGTACCTCAACATTATTAATCTGAAGATAGAAGTGGTTGAAATAAGAGTTGATAACCCGGCCTATATCCGGATCAAGTACCCCTACCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009906
ATGAGTTGTCTTCTGCACTTCATCTTCTTCCTTCTTCTTCCACTAGCATCAACCGGTTGCCCTAACCGGTGTGGAAACGTACTGATTCCATATCCATTTGGAGTCGGGTCGGGTTGCTTTCTGGAGGCATCCTTTAACGTCACTTGCAACACTTCTACCACACCTCCCAAACCGTACCTCAACATTATTAATCTGAAGATAGAAGTGGTTGAAATAAGAGTTGATAACCCGGCCTATATCCGGATCAAGTACCCCTACCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793290.1
MSCLLHFIFFLLLPLASTGCPNRCGNVLIPYPFGVGSGCFLEASFNVTCNTSTTPPKPYLNIINLKIEVVEIRVDNPAYIRIKYPYLLYGVCYHTSSGNMTWTDGWGISLWDTQYTLSEYNWLIAIGCDDALTASIYKGQGNQTFR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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