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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004513

染色体: Chr02 坐标: 67664369-67664731 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004513
名称SmilChr02G004513
描述zinc finger protein 7-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向67664369 - 67664731 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009913
GeneID131009913
locus_tag-
NCBI NameLOC131009913
原始查询LOC131009913

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc finger protein 7-like
产物zinc finger protein 7-like
ArabidopsisAT1G80730 (ZFP1)
zinc-finger protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844412]
identity=96.5; qcov=0.242; evalue=3.5e-14; confidence=weak
RiceOs03g0607700
-
identity=76.3; qcov=0.317; evalue=3.24e-14; confidence=low
GOGO:0009788 (negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009913

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057793296.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793296.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793296.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057793296.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057793296.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:67664475 TAG T 2bp_deletion frameshift_variant 20 B106,B110,B125,B129,B22,B40,B52,B60,B79,B99,C1,C19,C22,C29,C43,C48,C5,C55,C58,C65
Chr2:67664582 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C7
Chr2:67664727 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 132 A10,A11,A13,A15,A18,A19,A22,A24,A25,A6,B100,B104,B106,B110,B111,B112,B114,B117,B118,B12,B120,B124,B125,B126,B128,B129,B133,B137,B138,B140,B15,B17,B19,B22,B23,B26,B28,B3,B30,B33,B35,B37,B38,B40,B41,B45,B46,B47,B48,B5,B52,B56,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B67,B68,B69,B72,B73,B74,B75,B76,B77,B78,B79,B81,B86,B89,B9,B92,B93,B94,B96,B98,B99,C1,C14,C15,C19,C2,C21,C22,C27,C28,C29,C30,C31,C33,C35,C36,C38,C39,C4,C40,C41,C42,C43,C46,C48,C5,C52,C54,C55,C57,C58,C61,C63,C64,C65,C66,C67,C70,C71,C73,C74,C76,C77,C79,C80,C81,C82,C86,C87,D10,D11,D2,D6,D8
Chr2:67664730 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 135 A10,A11,A13,A15,A18,A19,A22,A24,A25,A6,B100,B104,B106,B11,B110,B111,B112,B114,B117,B118,B12,B120,B124,B125,B126,B128,B129,B133,B137,B138,B140,B15,B17,B19,B22,B23,B26,B28,B3,B30,B31,B33,B35,B37,B40,B41,B45,B46,B47,B48,B49,B5,B52,B56,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B67,B68,B69,B72,B73,B74,B75,B76,B77,B78,B79,B81,B86,B89,B9,B92,B93,B94,B96,B98,B99,C1,C14,C15,C19,C2,C21,C22,C27,C28,C29,C30,C31,C33,C35,C36,C38,C39,C4,C40,C41,C42,C43,C46,C48,C5,C52,C54,C55,C57,C58,C61,C63,C64,C65,C66,C67,C7,C70,C71,C73,C74,C76,C77,C79,C80,C81,C82,C86,C87,D10,D11,D2,D6,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937313.1
ATGGAGTCAGAGCGATGCAAATCATCACACTCATACTTGATGGAGAAACAAGAGAAGATGAATCCGGTTTTGGATCTATGCCTCTCTGTCTCAACCAAAGAGTTTGAAGAAAACCGAGTATTCTCATGCAACTACTGCACCAGGAAGTTCTACAGCTCGCAGGCCCTCGGCGGCCACCAGAACGCCCACAAACGCGAGCGCCGCGCGCCGCCGCTCCACCCATCTCTCACTATGCATGGACCCAATCTTAAGTACTACAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009913
ATGGAGTCAGAGCGATGCAAATCATCACACTCATACTTGATGGAGAAACAAGAGAAGATGAATCCGGTTTTGGATCTATGCCTCTCTGTCTCAACCAAAGAGTTTGAAGAAAACCGAGTATTCTCATGCAACTACTGCACCAGGAAGTTCTACAGCTCGCAGGCCCTCGGCGGCCACCAGAACGCCCACAAACGCGAGCGCCGCGCGCCGCCGCTCCACCCATCTCTCACTATGCATGGACCCAATCTTAAGTACTACAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793296.1
MESERCKSSHSYLMEKQEKMNPVLDLCLSVSTKEFEENRVFSCNYCTRKFYSSQALGGHQNAHKRERRAPPLHPSLTMHGPNLKYYKFGGRRAAPPPLRDTTATAANQQDFKILDLSLTL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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