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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004666

染色体: Chr02 坐标: 69035750-69037341 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004666
名称SmilChr02G004666
描述uncharacterized SmilChr02G004666
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向69035750 - 69037341 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009927
GeneID131009927
locus_tag-
NCBI NameLOC131009927
原始查询LOC131009927

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os11g0671600; species=rice; confidence=low
产物hit=Os11g0671600; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs11g0671600
-
identity=34.4; qcov=0.947; evalue=2.43e-38; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009927

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057793309.1
2 Chromosome 染色体 0.40000 XP_057793309.1
3 Telomere 端粒 0.40000 XP_057793309.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793309.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057793309.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:69035778 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:69036355 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 3 A5,B101,C68
Chr2:69036355 G GA 1bp_insertion CDS_variant 3 A5,B101,C68
Chr2:69036530 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B72,C36,D7
Chr2:69036541 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B98,C38,C64
Chr2:69036584 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B138,B89,B90
Chr2:69036589 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C61,C79
Chr2:69036595 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B122,B64,C87
Chr2:69036630 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,B103,B137,B83
Chr2:69036636 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,B88,C61,C72
Chr2:69036652 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B138,B89,B90,C35,C82
Chr2:69036661 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 2 B103,B109

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937326.1
ATGAACATGGAAGTTACATTGCGCAAAACAAGCTCATCTTCAGTTAATGAGGTATATAGACAAAGAAAAAATCTACAAAGACAAAAGAAACGTAAACGAAATGCAAGTGATTTGAATTGTTCATTGCTACATGAATTGAAAAATGTGCCTGATTGCATTCATTGTGGTGCAAGAAGATTTGAATATGAACCTCCTACTTTTTGTTGTGATAATGGAAAAGTTAAACTTGTATTTTCTGAAGTTCCTCCGGAGTTGGATGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009927
ATGAACATGGAAGTTACATTGCGCAAAACAAGCTCATCTTCAGTTAATGAGGTATATAGACAAAGAAAAAATCTACAAAGACAAAAGAAACGTAAACGAAATGCAAGTGATTTGAATTGTTCATTGCTACATGAATTGAAAAATGTGCCTGATTGCATTCATTGTGGTGCAAGAAGATTTGAATATGAACCTCCTACTTTTTGTTGTGATAATGGAAAAGTTAAACTTGTATTTTCTGAAGTTCCTCCGGAGTTGGATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793309.1
MNMEVTLRKTSSSSVNEVYRQRKNLQRQKKRKRNASDLNCSLLHELKNVPDCIHCGARRFEYEPPTFCCDNGKVKLVFSEVPPELDELFTAQSEEAINFRRNIRAYNSIFSFTSFGVKLDKELASARRGVYSFRAQGMVYHDLPGLIPQYASPKFFQLYFYDTQSEFENKINIMQNQVLSEAVVQMLMKILEINPYAKFFRRLKDYPSMDNVQLHISKDVNLDQRVYNSPHADQVAAIWVEGNNENIPLERDIVVHAHSG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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