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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005311

染色体: Chr02 坐标: 74004874-74006424 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005311
名称SmilChr02G005311
描述uncharacterized SmilChr02G005311
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向74004874 - 74006424 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009985
GeneID131009985
locus_tag-
NCBI NameLOC131009985
原始查询LOC131009985

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837105]; symbol=AT1G05950; hit=AT1G05950; species=arabidopsis; confidence=medium
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837105]; symbol=AT1G05950; hit=AT1G05950; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT1G05950 (AT1G05950)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837105]
identity=36.3; qcov=0.894; evalue=3.37e-33; confidence=medium
RiceOs09g0514500 (ald)
-
identity=53.7; qcov=0.218; evalue=1.81e-06; confidence=weak
GO-
KEGG-
PfamPF25502 (DUF7915)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009985

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057793363.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057793363.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057793363.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793363.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793363.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:74005210 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793363.1
188 aa
N
1
94
188
DUF7915
C
PF25502 DUF7915 34-170 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793363.1 Pfam PF25502 DUF7915 Domain 34 170 1.3e-42 146.1 Domain of unknown function (DUF7915)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937380.1
ATGACACAAGTTCTAAGTGGATATCCAATATCAACAGTTGCAGTGTTGTTGATCGACTCAGAGAGAGAAAACTGCCTGCTTAAGTGTGATGCTGTCGCTGAAGGGGTGTGGTCGCTTATTGAAAAAGAGATCAACGAGTTTAGCACAGATCAAGAAATACGGGCAGAAGAAAGAGCAGGTAAGAAGAGGAAATTAAATGATCATAGTAACTTTCTGCAGATCGGGTTTGATGCTGTGAAGGACGTTGCAGGCATCGAAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009985
ATGACACAAGTTCTAAGTGGATATCCAATATCAACAGTTGCAGTGTTGTTGATCGACTCAGAGAGAGAAAACTGCCTGCTTAAGTGTGATGCTGTCGCTGAAGGGGTGTGGTCGCTTATTGAAAAAGAGATCAACGAGTTTAGCACAGATCAAGAAATACGGGCAGAAGAAAGAGCAGGTAAGAAGAGGAAATTAAATGATCATAGTAACTTTCTGCAGATCGGGTTTGATGCTGTGAAGGACGTTGCAGGCATCGAAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793363.1
MTQVLSGYPISTVAVLLIDSERENCLLKCDAVAEGVWSLIEKEINEFSTDQEIRAEERAGKKRKLNDHSNFLQIGFDAVKDVAGIEVSDIEVLEAHVVYSLTKEKSAAQFYMMKCNQSFDIRQRSTLDSLVESLQGPFAEQYGDTWVTTSLIEYHRLLPYAELISSWLPRKDLSVPILSNCVQDHILE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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