Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G005383`

染色体: Chr02 坐标: 74490561-74492833 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G005383`
名称	SmilChr02G005383
描述	uncharacterized SmilChr02G005383
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	74490561 - 74492833 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009995`
GeneID	`131009995`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009995`
原始查询	`LOC131009995`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	AT5G01150; symbol=AT5G01150; hit=AT5G01150; species=arabidopsis; confidence=low
产物	AT5G01150; symbol=AT5G01150; hit=AT5G01150; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT5G01150` (AT5G01150) - identity=30.2; qcov=1.02; evalue=1.09e-52; confidence=low
Rice	`Os04g0594500` - identity=27.7; qcov=0.773; evalue=9.19e-40; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF05056 (DUF674)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009995

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057793373.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057793373.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057793373.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057793373.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057793373.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:74490585`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B119,B57,C31
`Chr2:74490715`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	D11
`Chr2:74490715`	`A`	`AT`	1bp_insertion	CDS_variant	1	D11
`Chr2:74490757`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	9	B117,B132,B26,C1,C42,C6,C64,C66,D5
`Chr2:74490785`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B5
`Chr2:74490899`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr2:74491143`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B2,C18
`Chr2:74491175`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B49,B87,C78
`Chr2:74491181`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B49,B87,C78
`Chr2:74491223`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B49,B87,C78
`Chr2:74492004`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	7	A13,B117,B132,B26,C1,C42,C66
`Chr2:74492040`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B63,C45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793373.1

481 aa

240

481

DUF674

PF05056 DUF674 7-446 aa PF05056 DUF674 402-470 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057793373.1`	Pfam	`PF05056`	DUF674	Family	7	446	2.1e-104	350.6	Protein of unknown function (DUF674)
`XP_057793373.1`	Pfam	`PF05056`	DUF674	Family	402	470	2.1e-104	350.6	Protein of unknown function (DUF674)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937390.1
ATGTCTAACCCTAGAGATTCCAAGCTGTCTCTCAAAGTCACGATCAACAAACAGAAATCAAAAGTCCTATTTGCCCAAGCCAACAACGATTTTGTCGACGTTTTGCTAAGCTTTCTAACTCTGCCATTGGGAAAAATCGTCAGAATTCTACAACACCACAAAAAAGAATCGATACACGCCATTAATGGAAGCTTCATCACTCTCTACGAAGGTCTGCATCATCTCGATAGCACCCATTTCTCTTTGAAAGGAGCGAAGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009995
ATGTCTAACCCTAGAGATTCCAAGCTGTCTCTCAAAGTCACGATCAACAAACAGAAATCAAAAGTCCTATTTGCCCAAGCCAACAACGATTTTGTCGACGTTTTGCTAAGCTTTCTAACTCTGCCATTGGGAAAAATCGTCAGAATTCTACAACACCACAAAAAAGAATCGATACACGCCATTAATGGAAGCTTCATCACTCTCTACGAAGGTCTGCATCATCTCGATAGCACCCATTTCTCTTTGAAAGGAGCGAAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057793373.1
MSNPRDSKLSLKVTINKQKSKVLFAQANNDFVDVLLSFLTLPLGKIVRILQHHKKESIHAINGSFITLYEGLHHLDSTHFSLKGAKEMFLNPRNPFEAECSNLILDITDSETTKFFVCGNNYCGRFSVANISMYSGIAECSVCGSLLNKQTSAFEISVARDANLGVFTKNSSSFLISDDLRVVPVEPGFLQTPAVAGVMRVLENVGVADTQGAESRILSIGIDDIMDLLRLSLVSATPLTDLIIKNGQKAVSAAAKPEPP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器