Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G005413`

染色体: Chr02 坐标: 74606590-74608600 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G005413`
名称	SmilChr02G005413
描述	uncharacterized SmilChr02G005413
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	74606590 - 74608600 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010012`
GeneID	`131010012`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010012`
原始查询	`LOC131010012`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	AT5G01130; symbol=AT5G01130; hit=AT5G01130; species=arabidopsis; confidence=low
产物	AT5G01130; symbol=AT5G01130; hit=AT5G01130; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT5G01130` (AT5G01130) - identity=29.7; qcov=1.01; evalue=2.12e-46; confidence=low
Rice	`Os04g0594500` - identity=28.6; qcov=0.804; evalue=2.39e-34; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF05056 (DUF674)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010012

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057793389.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057793389.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057793389.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057793389.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057793389.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:74608501`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B103,B98,C35,C61
`Chr2:74608535`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B103,B98,C35,C61
`Chr2:74608552`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B103,B98,C35,C61
`Chr2:74608580`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B127,B52

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793389.1

460 aa

230

460

DUF674

PF05056 DUF674 8-425 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057793389.1`	Pfam	`PF05056`	DUF674	Family	8	425	5.8e-90	303.0	Protein of unknown function (DUF674)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937406.1
ATGTCTGATGCAGCTAACGAGGATGTCAAGTTCTCGTTGAAAGTGATGGTCAATAAAGATAAAACCAAGGTACTCTTTGCAGAAGCCGACCCCCATTTTGTAGACATTTTGTTAAGCTTCTTGACTTTGCCGTTGGGAAGAATTATCGAATTCTTCGACAACCACTATAAAGGTGAAGAGACACCCAGCATTGGAAGCTTAACCAATTTTTCTCGCAGCTTAGACAATCTCGCTGATGCCCATTTTGTGACGGAGGATGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010012
ATGTCTGATGCAGCTAACGAGGATGTCAAGTTCTCGTTGAAAGTGATGGTCAATAAAGATAAAACCAAGGTACTCTTTGCAGAAGCCGACCCCCATTTTGTAGACATTTTGTTAAGCTTCTTGACTTTGCCGTTGGGAAGAATTATCGAATTCTTCGACAACCACTATAAAGGTGAAGAGACACCCAGCATTGGAAGCTTAACCAATTTTTCTCGCAGCTTAGACAATCTCGCTGATGCCCATTTTGTGACGGAGGATGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057793389.1
MSDAANEDVKFSLKVMVNKDKTKVLFAEADPHFVDILLSFLTLPLGRIIEFFDNHYKGEETPSIGSLTNFSRSLDNLADAHFVTEDAQQALLYVNSSFEDAYKCLKLDISNSQSAKYFCCFLTSHGSIPCVSIYYDNLTCKVCGNTMRKEAAERPSIAASSDGVFVKSKASFTISGDLQIFPNEIGLLSFITLLGITDAHEAQEIQVSFGFNEIMDLLKASLTSPTPLSDLILRKKTKSSTAAISMHEIVNEINPRCRNL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器